被告不配合鉴定后果如下：一、导致诉讼拖延 “迟到的正义非正义”。一般启动重新鉴定程序后,法院会对案件中止审理,视鉴定情况再恢复审理。二、影响案件审理“鉴定是指司法机关为了查明案情,指派或者聘请具有专门知识的人对案件中的某些专门性问题进行鉴别和判断的一种侦查活动。”对于故意伤害或者人身损害的案件来说,鉴定报告是重要的证据之一。三、引发涉诉信访问题。被鉴定人不配合鉴定,导致重新鉴定无法进行,除了对案件本身有很大的影响外,还容易引发涉诉信访问题。
对方一旦不配合司法鉴定的相关规定,其法院可以进行相关的强制措施,让对方必须履行。而且其所造成的相关的影响也是非常严重的,其后果更加严重。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百四十六条 为了查明案情，需要解决案件中某些专门性问题的时候，应当指派、聘请有专门知识的人进行鉴定。
。是印章鉴对方拒绝。法官应该怎么判
根据最高院的司法解释：一方要做司法鉴定，另外一方不同意的，视作鉴定结果对不同意的一方不利。依照对不同意方不利的结果判决。所以，被告不同意可以重审认定，法院可以给被告一次重新鉴定。
被告方无权拒绝，被告拒绝配合，这种情况下，法官应该认定原告对这份证据的主张成立。
法官以对方伪证为据写进判决书。怎么办。
对于虚假证据,法院采信后作出的判决是有法律效力的。对证据不实,损害诉讼当事人权利的,当事人可以提出上诉或者申诉,也可以请检察院提起抗诉。
