1、退回补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限
2、对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。也就是说，案件经过一次补充侦查，人民检察院认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定;如果经过两次补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的人民检察院应当作出不起诉决定。
3、人民检察院对已经退回公安机关二次补充侦查的案件，在审查起诉中又发现新的犯罪事实，应当移送公安机关立案侦查;对已经查清的犯罪事实，应当依法提起公诉。
补充侦查什么是补充侦查
补充侦查是指在原有侦查工作的基础上，依照法定程序，公安机关或者人民检察院对案件中的部分事实情况作进一步调查、补充证据的一种诉讼活动。补充侦查只适用于事实不清、证据不足或遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人的案件。补充侦查由人民检察院决定，公安机关或人民检察院实施。补充侦查的次数不得超过2次。这既指退回公安机关补充侦查的案件，也包括人民检察院决定退回侦查部门补充侦查的案件。
审查逮捕还能补充侦查吗
审查逮捕阶段可以补充侦查。补充侦查是指公安机关或人民检察院依照法定程序，在原有侦查工作的基础上，就案件中的部分事实、情况再行侦查的诉讼活动。
批捕后的补充侦查是好事吗？
《刑事诉讼法》第68条规定，人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后，对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。补充侦查对于被就羁押的嫌疑人是坏事，因为这意味着开庭的时间的延长，或者说此人在看守所的时间要长，而看守所和监狱有不同。对于案件本身来说，确实有退补后案件结束的情况，但是比例是比较小的。
取保候审后的审查起诉
刑事诉讼法第169条规定：人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。该条对审查起诉的期限以及改变管辖后审查起诉期限的计算，都作出了明确的规定。这一规定是长期审查起诉经验的总结，是符合准确、及时办案要求的。根据刑事诉讼法第171条第3款的规定：对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。以上规定的审查起诉的期限是针对犯罪嫌疑人被羁押的案件来说的，实践中对犯罪嫌疑人未被羁押的案件，人民检察院不受1个月至1个半月期限的限制，既可以在1个月至1个半月内完成，也可以超过这个期限，但是，必须贯彻迅速、及时原则，不得中断对案件的审查。此外，如果在审查起诉过程中犯罪嫌疑人在逃的，人民检察院应当中止审查，并按照刑事诉讼法的有关规定作出通缉的决定并通知公安机关执行。共同犯罪中的部分犯罪嫌疑人在逃的，对在逃犯罪嫌疑人应当中止审查，对其他犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。中止审查应当由审查起诉部门负责人提出意见报请检察长决定。中止审查的时间不计入审查起诉的期限。人民检察院经过审查，应当根据案件的不同情况，依法作出提起公诉或不起诉的决定。
取保候审后的审查起诉期限是多久
法律并没有对取保候审后审查起诉期限单独做出规定，一般来说，人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。也就是说，无论是否取保候审，检察院都应当在上述期限内做出是否起诉的决定。
