1.在证据提取方面存在的问题。重视有罪证据而忽视罪轻、无罪证据。例如有的案件被告人构成自首，但在公诉机关提交的公安机关破案报告中并没有体现。证据提取不全面。主要是犯罪嫌疑人交待犯罪事实的情况下，侦查人员认为案件已经突破，忽略了其他证据的获取，导致审判过程中证据形不成证据链条，案件的事实无法查清。比如在物证的提取上，有的案件虽然提取了作案工具、犯罪现场被破坏等证据，但对指纹等关键物证没有提取，或未做痕迹对比鉴定。在书证方面，主要是对被告人、被害人的身份证据提取不全面、不及时，存在移送的案卷材料中没有被告人年龄证明材料等情况。
2.讯(询)问笔录方面存在的问题。常见的情况有笔录首部时间、地点、侦查人员的姓名、被讯(询)问人的基本情况以及与案件当事人的关系等栏目没有正确填写或者填写不完全，例如只有开始时间，没有结束时间，或者是结束时间早于开始时间、讯问被告人的时间早于被告人被采取强制措施的时间等，与其他证据内容冲突，给证据的采信造成困难;有的案件几次讯问笔录内容完全一致;有的案件一份笔录中对同一问题多次重复讯问。
3.辨认方面存在问题。一是应做辨认而没有做辨认。例如，被告人徐某某盗窃一案，被告人徐某某左脚残疾,而公安机关均未组织同案人对这一明显身体特征进行辨认;二是辨认时间不及时，待法院审查认为证据不足时，才进行补充辨认，对辨认的效果和对案件的审理均造成影响;三是辨认的程序存在问题，如被辨认人人数少于规定的人数，另有一起案件从被辨认的照片看，犯罪嫌疑人的照片明显与其他照片不同，只有犯罪嫌疑人的照片是近照，人像较大，其他照片的人像均较小。
4.鉴定方面存在的问题。个别案件的鉴定程序不符合规定。例如石某某等盗窃一案中，公安机关未在犯罪地的物价部门做赃物的价格鉴定,导致辩护人对盗窃价值及价格鉴定程序提出异议。但由于时过境迁，部分赃物已灭失，重新做鉴定不仅困难较大，且鉴定成本也较高，给本案的审理带来了较大的难度。
(二)审理阶段存在的主要证据问题
1.证据采信标准不统一，随意性大。特别是证据存在瑕疵、证据间出现矛盾的情况下，法官往往偏重于社会整体利益的保护而忽视了对被告人利益的保护，偏重于裁判的正确性而忽略了证据能力和取证程序问题，选择采用有利于“使有罪的人受到刑法的追究”、“实现打击犯罪的任务”的证据，不利于被告人权益的保护。
2.庭审对证据的认证流于形式。实践中笔者感到，刑事案件的庭审过程并没有真正发挥对证据的质证、认证作用。突出表现为：一是对检察院提起公诉的案件，经开庭审理后，对证据不足的案件检察院可以任意补正或者法院会反复退查，这种做法无疑违反了“疑罪从无”的原则;二是有时案件定案的证据超出了公诉机关在法庭上提出的证据范围，存在侦查、起诉中收集的证据未经庭审质证、认证而在审判时直接作为定案依据的现象。
3.裁判文书对证据方面的论述不足。一个问题是只简单罗列证据名称，并不叙述证据的主要内容，能够证明的内容;另一个问题是采信理由上，只简单表述为：某某证据本院予以采用、上述事实证据确实充分依法予以认定、某某证据本院不予采信等格式化的语言，但法院采信或不采信的理由和根据是什么并不做论述。
4.对证据的分析、认证能力不足。目前从事刑事审判法官的人员结构状况和业务素质能力参差不齐，对刑事案件事实的证明要求、证据的认证标准的把握存在困难，对证据的运用、分析能力不足，制约着庭审认证活动的开展，影响案件质量。
分析刑事案件存在上述证据方面问题的原因，主要是：主观上，办案人员司法理念落后，证据意识程序意识不强，忽视对当事人合法权利的保护，过分重视“口供”，法官没有真正担当中立角色，“无罪推定”和“疑罪从无”原则没有真正落实;客观上，办案人员的业务能力不强、法律知识不足、办案方法和手段落后;另外，刑事审判制度、运作机制方面存在的缺陷，人、物、财保障方面存在的不足也是造成刑事证据方面问题的因素。
