法律分析：一、合同章长期在员工手上有效吗
合同章如果是公司让员工保管，是有效的。当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。当事人采用合同书形式订立合同的，双方当事人签字或者盖章的地点为合同成立的地点。
二、为什么有些单位在合同上是盖公章，有些单位在合同中盖合同专用章呢，其到底在法律上有何区别呢？
1、公章的产生刻制国有企业、集体企业、民营企业、中外合资企业单位的财务章、合同章、业业务专用章及银行的转账章，现金收讫章、现金付讫章、需凭本单位开具的介绍信和营业执照到本单位所在地县级以上公安机关登记备案，经公安机关审查登记备案后，签发制印章通知单，刻制单位凭通知单（或者介绍信）到公安机关指定的刻字厂或刻章店刻制印章，才具备法律意义的。
2、盖公章或者合同章区别
签订合同的时候，盖公章或者合同章均可以，具体的关键点区别是：
1）公章的效力范围比合同专用章范围大。2）公章一般是法人代表的印章；合同章可以是法人也可以是自然人。3）合同章的效力在公章之下，公章办什么事都可以用，合同章只有在合同上有用，不能办理其他事项。综上所言，在签订合同时盖公章或者合同章均可以，均有法律意义的，但不管如何，盖章的时候均是一个公司行为的产生，所以我们均应审慎的态度为妥。
三、合同必须双方都盖章吗?
签合同不一定要盖章的。根据法律规定，对于一份合同，只要双方当事人有相应的民事行为能力、合同内容符合法律规定、双方意思表示真实，并由双方当事人进行确认后，合同即具有法律效力。
至于双方当事人对合同的确认方式，可以是由双方签名、盖章或由有代理权的人签名三种方式，所以签合同是不一定需要盖章的。当然，如果当事人是单位的，最好能盖单位公章，以免以后产生纠纷。
当事人订立合同，有书面形式，口头形式和其他形式。法律，行政法规规定采用书面形式的，应该采用书面形式。当事人约定采用书面形式的，应当采用书面形式。
法律依据：《国务院关于国家行政机关和企业事业单位印章的规定》
