情形一：纳税人能提供原购房发票
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕21号)规定，对单位或个人转让非住宅类旧房及建筑物，凡能提供原购房发票的，经当地税务机关确认，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算扣除项目的金额。其中加计扣除项目的“每年”，指购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计1年;超过1年，未满12个月但超过6个月的，可以视同1年。对于纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与房地产有关税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
应纳土地增值税计算步骤：
①计算扣除项目金额=原购房发票金额(1+5%N)+转让环节缴纳的有关税金，其中N代表原购房发票所载日期至售房发票开具之日止的年数;
②计算土地增值额=旧房及建筑物转让价款-扣除项目金额;
③计算土地增值率=(土地增值额÷扣除项目金额)×100%;
④根据土地增值率找出土地增值税适用税率;
⑤计算应纳土地增值税=土地增值额×适用税率。
情形二：纳税人不能提供购房发票或提供扣除项目金额不实
根据土地增值税暂行条例实施细则和《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税〔1995〕48号)等有关政策规定，对纳税人转让旧房时，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。此外，对纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用也允许在计算增值额时予以扣除。但对纳税人下列成本费用不得计算扣除：取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额;纳税人隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，不允许在计算土地增值税时予以扣除。
旧房及建筑物的评估价格，指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。计算公式为：旧房评估成本价格=房地产重置成本价×成新度折扣率。
按评估价格计算土地增值税步骤：
①计算扣除项目金额=重置成本价×成新度折扣率+取得土地使用权时所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金+转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估支付的评估费用;
②计算土地增值额=旧房及建筑物转让价款或评估价款-扣除项目金额;
③计算土地增值率、确定适用税率及计算应纳税款与以上第一种方法步骤相同。
此外，根据财税〔2006〕21号文件的规定，对纳税人转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据税收征管法第三十五条的规定，实行核定征收。
