一、农村医保在三甲医院住院报销比例是多少
      新农合报销比例与就诊机构有关，就诊机构级别越高报销比例越低。
      新农合三甲医院报销的比例在65%左右，不过，还需以当地医保报销政策与就诊机构的报销政策为准。
      参加新农合的都是农村户口，在三甲医院就医属于异地就医，需要本地就医机构开具转院证明，并经过新农合办审核，否则不予报销。
      法律依据《中华人民共和国民法典》第八条民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。
      法律依据:
      《中华人民共和国社会保险法》
      第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围:
      (一)应当从工伤保险基金中支付的;
      (二)应当由第三人负担的;
      (三)应当由公共卫生负担的;
      (四)在境外就医的。
      医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。
      基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
      《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
      《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
      《山东省卫生厅关于提高新型农村合作医疗政策范围内住院费用报销比例的通知》(鲁卫农卫发〔2010〕15号)一、进一步完善新农合补偿方案:各市要结合下半年新农合筹资标准提高的实际，及时调整完善补偿方案。适当调整新农合基金分配比例，新增政府补助资金主要用于住院补偿，提高住院统筹基金所占比重，提高参合农民在二、三级医疗机构住院治疗的报销比例，三级医疗机构报销比例原则上不低于35%。严格执行国家和省基本药物制度，将国家基本药物和省增补药物全部纳入新农合报销范围，确保基本药物报销比例提高10%。要以市为单位统一确定纳入大病补偿的慢性病和其他特殊疾病病种、诊断标准和补偿程序，并适当提高报销比例。各市确定的慢性病和其他特殊疾病病种年底前报我厅农卫处。二、积极开展新农合支付方式改革:不断加快新农合支付方式改革试点步伐，省里确定的26个新农合支付方式改革试点县(市、区)要确保年内全部启动，2011年，各市要有50%以上的县(市、区)开展新农合支付方式改革。对于门诊统筹支付方式，全省在2011年统一推行门诊总额预付制，各地要根据定点医疗机构的服务人口、服务能力和往年新农合基金门诊补偿支出比重等因素合理确定门诊预付总额。对于住院统筹支付方式，进行支付方式改革的县(市、区)，可根据不同情况实行按病种或按床日付费，暂不能实行按病种或按床日付费的，也要实行总额预付制，并结合实际，科学测算确定住院统筹付费标准和预付总额。
      二、农村医保门诊报销比例
      1、村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
      2、镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
      3、二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
      4、三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
      5、中药发票附上处方每贴限额1元。
      6、镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
      7、特殊病种:一个医保年度内，特殊病种门诊免报额度为400元，符合规定治疗范围的医疗费用报销比例与普通住院待遇相同。
      《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
      《中华人民共和国社会保险法》第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
      《山东省卫生厅关于提高新型农村合作医疗政策范围内住院费用报销比例的通知》(鲁卫农卫发〔2010〕15号)一、进一步完善新农合补偿方案:各市要结合下半年新农合筹资标准提高的实际，及时调整完善补偿方案。适当调整新农合基金分配比例，新增政府补助资金主要用于住院补偿，提高住院统筹基金所占比重，提高参合农民在二、三级医疗机构住院治疗的报销比例，三级医疗机构报销比例原则上不低于35%。严格执行国家和省基本药物制度，将国家基本药物和省增补药物全部纳入新农合报销范围，确保基本药物报销比例提高10%。要以市为单位统一确定纳入大病补偿的慢性病和其他特殊疾病病种、诊断标准和补偿程序，并适当提高报销比例。各市确定的慢性病和其他特殊疾病病种年底前报我厅农卫处。二、积极开展新农合支付方式改革:不断加快新农合支付方式改革试点步伐，省里确定的26个新农合支付方式改革试点县(市、区)要确保年内全部启动，2011年，各市要有50%以上的县(市、区)开展新农合支付方式改革。对于门诊统筹支付方式，全省在2011年统一推行门诊总额预付制，各地要根据定点医疗机构的服务人口、服务能力和往年新农合基金门诊补偿支出比重等因素合理确定门诊预付总额。对于住院统筹支付方式，进行支付方式改革的县(市、区)，可根据不同情况实行按病种或按床日付费，暂不能实行按病种或按床日付费的，也要实行总额预付制，并结合实际，科学测算确定住院统筹付费标准和预付总额。