住院报销按以下规定办理：
(一)起付线。一级定点医疗机构100元，起付线以下的医药费用不予报销。二、三级定点医疗机构不设起付线。
(二)报销比例。一级定点医疗机构住院不实行分段补偿，符合报销范围内的医药费补偿比例为65%。二、三级定点医疗机构住院实行分段补偿，分为5000元以下(含5000元)、5000元以上至10000元(含10000元)和10000元以上三段(下同)。
符合报销范围内的医药费按以下比例报销：
二级定点医疗机构5000元以下的部分按50%的比例报销，5000元至10000元的部分按55%的比例报销，10000元以上的部分按60%的比例报销。
三级定点医疗机构5000元以下的部分按35%的比例报销，5000元至10000元的部分按40%的比例报销，10000元以上的部分按照45%的比例报销。
一级定点医疗机构包括镇街道卫生院和区级专科医疗机构，二级定点医疗机构包括区级综合医院和市级专科医疗机构，三级定点医疗机构包括市级及市级以上综合医院、市级以上专科医疗机构。
(三)封顶线。住院报销总额每人每年累计最高可报销40000元。
(四)尿毒症透析、癌症病人的放疗(化疗)、红癍狼疮、器官移植抗排异治疗的门诊费用按同级定点医疗机构住院报销比例报销，每结算报销一次计算一次起付线。
在定点医疗机构住院按政策分娩的，每人给予300元的一次性补偿。对于新农合筹资缴费期后至下一个筹资缴费期之间新生儿发生的医疗费用，其母亲参合的可用其母亲的姓名享受新农合补偿政策。
外出务工人员以及子女随父母或父母随子女在外长期居住，因病在居住地政府举办的定点医疗机构住院治疗的，持务工单位证明、居住地户籍证明、就诊医疗机构诊断证明、住院病历首页、费用凭证等资料，经区合作医疗管理办公室办理审核，到户口所在地合作医疗管理办公室办理报销。
(五)报销手续。参合人员报销医药费时，应持本人合作医疗证、医药费单据原件、门诊病历、处方报销联(门诊实行双处方制);住院人员报销医药费，还要持住院清单、诊断证明、出院证明、身份审核证明、住院病历首页复印件等材料。
参合人员要于次年度的一个月内办理完毕上年度的报销结算，未办理的视为自动放弃报销。定点医疗机构未及时办理结算的，补偿费用由定点医疗机构承担。
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