发现非法宗教活动的处理方式如下:1、由宗教事务部门责令停止活动;2、依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定,由公安机关给予治安处罚;3、刑事处罚,举行集会、游行、示威,未依照法律规定申请或者申请未获许可的,或者未按照主管机关许可的起止时间、地点、路线进行,又拒不服从解散命令,严重破坏社会秩序的,对集会、游行、示威的负责人和直接负责人,处5年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利;4、由宗教事务部门没收违法所得;5、由宗教事务部门处以违法所得1到3倍的罚款。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑法》
第二百九十六条 举行集会、游行、示威,未依照法律规定申请或者申请未获许可,或者未按照主管机关许可的起止时间、地点、路线进行,又拒不服从解散命令,严重破坏社会秩序的,对集会、游行、示威的负责人和直接责任人员,处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。