申请港澳通行证流程如下：
1、提交申请。申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料；
2、数码照相。申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照；
3、采集指纹。申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理；
4、受理申请。工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人；
5、缴纳费用。申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单；
6、制作证件。受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构；
7、发放证件。申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件；若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
法律依据：
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》
第六条
内地公民因私事前往香港、澳门，须向户口所在地的市、县公安局出入境管理部门提出申请。
第九条
内地公民因私事申请前往香港、澳门，须回答有关询问并履行下列手续：
（一）交验户口簿或者其他户籍证明。
（二）填写申请表；
（三）提交所在工作单位对申请人前往香港、澳门的意见；
（四）提交与申请事由相应的证明。
