法律分析：二者的主要区别在于普惠制与互济性层面上。
新型农村合作医疗是农村合作医疗的升级版，居民医疗保险又是新农合和城镇居民医疗保险的升级版。新型农村合作医疗，顾名思义是带有政府扶持、农民(家庭)合作的性质，既然是合作就要照顾合作人的利益，因此在政策设计上偏重于普惠制。例如，在普通门诊统筹方面，个人虽然报销额度不多，但人人有份。
而居民医保则更侧重于体现互济性，即将分散的小钱集中起来治大病。除住院报销外，居民医保还建立了特定门诊慢性病和普通门诊慢性病报销制度，恶性肿瘤放化疗、慢性肾功能衰竭门诊透析等12种门诊特定慢性病按住院的比例报销(起付标准为300元)，冠心病、肺心病等61种普通门诊慢性病，报销比例为60%，报销限额为一档缴费500元、二档缴费1000元(起付标准为100元)。也就是说，居民医保制度是把人人有份转为基本涵盖城乡居民特别是农村老年居民多发性、常发性慢性病。通俗地说，就是有病的治病，没病的就不乱花这项钱了，省下的钱用来提高报销比例和报销限额。
从另外的层面来说，新农合实行的普惠制政策，也在一定程度上给个别村医诱导健康村民浪费基金留下可乘之机，浪费基金就意味着抗风险能力弱化，真正患病人员的报销待遇就无法提高。对此，我们算一笔总账即可从中看出端倪，根据市审议部门的审计报告，全市城镇居民基本医疗保险人均报销2410.28元，新农合人均报销230.56元。因此，新政策的实施，既能使医疗保险的保障功能得到发挥，又让患病居民得到了真正实惠。
