律师解答：
主要有以下不同：
1.两者实质不同：商标争议实质是对注册商标在先注册人的一项特殊保护措施;商标异议实质是对初步审定的商标所进行的异议，
2.两者内容不同：争议的内容是权利争执，而异议的内容只是对初步审定的商标发生异议；
3.提出时间不同：争议是在被争议商标核准注册，即发给商标注册证五年内提出，而异议是在初步审定，即在商标公告后三个月内提出；
4.申请主体不同：争议人是特定的，即必须是在先注册人，而异议人不是特定的，可以是任何机关、团体、企业或者个人，包括在先注册人；
5.提出原因不同：争议的提出必须是被争议商标与争议申请人的商标在相同或类似商品(或服务)上相同或近似，异议除上述原因外，还有违反《商标法》规定的禁用条款或其他规定等；
6.处理机构不同：商标争议直接向商标评审委员会提出；商标异议向商标局提出。
【法律依据】：
《中华人民共和国商标法》
第三十三条 对初步审定公告的商标，自公告之日起三个月内，在先权利人、利害关系人认为违反本法第十三条第二款和第三款、第十五条、第十六条第一款、第三十条、第三十一条、第三十二条规定的，或者任何人认为违反本法第四条、第十条、第十一条、第十二条、第十九条第四款规定的，可以向商标局提出异议。公告期满无异议的，予以核准注册，发给商标注册证，并予公告。
第三十五条 对初步审定公告的商标提出异议的，商标局应当听取异议人和被异议人陈述事实和理由，经调查核实后，自公告期满之日起十二个月内做出是否准予注册的决定，并书面通知异议人和被异议人。有特殊情况需要延长的，经国务院工商行政管理部门批准，可以延长六个月。商标局做出准予注册决定的，发给商标注册证，并予公告。异议人不服的，可以依照本法第四十四条、第四十五条的规定向商标评审委员会请求宣告该注册商标无效。商标局做出不予注册决定，被异议人不服的，可以自收到通知之日起十五日内向商标评审委员会申请复审。商标评审委员会应当自收到申请之日起十二个月内做出复审决定，并书面通知异议人和被异议人。有特殊情况需要延长的，经国务院工商行政管理部门批准，可以延长六个月。被异议人对商标评审委员会的决定不服的，可以自收到通知之日起三十日内向人民法院起诉。人民法院应当通知异议人作为第三人参加诉讼。商标评审委员会在依照前款规定进行复审的过程中，所涉及的在先权利的确定必须以人民法院正在审理或者行政机关正在处理的另一案件的结果为依据的，可以中止审查。中止原因消除后，应当恢复审查程序。
