法律解析：
公司设立协议与公司章程的目标是一致的，都是为了设立公司。两者在内容上也常有类同或相通之处，例如都约定公司名称、注册资本、经营范围、股东出资与比例、出资形式等等。但是，两者在法律性质和功能上，还是有着巨大的差别：
(一)公司章程是公司必备文件，而公司设立协议则是任意性文件。
公司章程是我国公司法强制要求的公司必备文件。没有公司章程，公司就不能成立。而除了外商投资企业要求有合同以及股份有限公司要求有发起人协议外，《中华人民共和国公司法》并没有要求公司必须具有设立协议。
(二)公司设立协议与公司章程的效力范围不同。
根据《中华人民共和国公司法》的规定，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员均具有约束力。也就是说，公司章程的作用范围包括股东、公司以及公司内部组织机构与人员。而公司设立协议仅仅是股东之间的任意性合同，需遵守合同相对性的原则，其作用范围仅限于签约的主体之间。
(三)公司设立协议与公司章程的效力期限不同。
公司设立协议主要是在公司设立期间发生法律效力，所调整的是公司设立过程中的法律关系与法律行为。
【法律依据】：
《中华人民共和国公司法》 第十一条 设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
