行政许可的实施机关是指谁有权实施行政许可，也即是关于行政许可的实施主体的规则。
1、行政许可权作为一种行政职权，原则上只能由行政机关实施。其他任何组织没有许可权，也就不能实施行政许可。但是对这一原则的理解应当注意，并不是任何行政机关都享有行政许可权，只有依法享有行政许可职权的行政机关才能在其法定职权范围内实施行政许可。
2、行政许可权也可以授予行政机关以外的其他社会组织实施。这主要是考虑到间接行政的问题，按照行政许可的设定标准，行业组织或中介机构能够自律管理的，通过行业组织或中介机构自律管理。但授权必须符合以下条件：(1)职权来源依据必须是法律、法规，即法律、法规授权行政许可权;(2)接受授权的组织必须是具有管理公共事务职能的组织。
3、行政许可权也可依法委托其他行政机关实施。行政许可的委托必须符合以下条件：(1)作为委托者的行政机关必须具有所委托的行政许可权，委托者不可能将自己所没有的权力委托他人;(2)受托者必须是行政机关，即一个行政机关对另一个行政机关的委托，不能将行政许可权委托行政机关以外的社会组织实施;(3)委托行为必须依照法律、法规、规章的规定进行，即必须有法律、法规、规章的依据;(4)委托机关应当将受委托行政机关和受委托实施行政许可的内容予以公告。
与行政处罚法关于授权与委托的规定相比，行政许可法有了新的发展，即明确了授权与委托的性质及相应的规则。就授权的性质而言，接受授权的组织取得与行政机关相同的法律地位，行政许可法有关行政机关的规定同样也适用于被授权的组织。这意味着被授权组织可以以自己的名义实施行政许可权，同样他也要对实施行政许可权所产生的后果独立承担责任。就委托的性质而言，受托的行政机关与委托的行政机关之间是代理关系。这就意味着受委托的行政机关要在委托的范围内，以委托行政机关的名义实施行政许可;委托行政机关对受委托的行政机关实施行政许可的行为应当负责监督，并对该行为产生的后果承担法律责任。由于委托与受托之间存在着特定的身份关系，受托的行政机关不得再委托其他组织或者个人实施行政许可。
4、行政机关内部的关系。由于行政许可是由一个庞大的组织系统实施，因此会产生行政机关内部的关系问题。行政机关内部关系需遵守以下几项规则：
(1)相对集中许可权。省级政府可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权。但此时在实体上必须是根据精简、统一、效能的原则;在程序上则要经国务院批准;
(2)“一个窗口对外”，行政许可需要行政机关内设的多个机构办理的，该行政机关应当确定一个机构统一受理行政许可申请，统一送达行政许可决定;
(3)“并联审批”，行政许可依法由地方人民政府两个以上部门分别实施的，本级人民政府可以确定一个部门受理行政许可申请，并转告有关部门分别提出意见后统一办理;
(4)“一站式审批”，行政许可依法由地方人民政府两个以上部门分别实施的，本级人民政府可以组织有关部门联合办理、集中办理。
