综合所得年度自行申报和通过扣缴义务人申报区别在于：
（一）1、通过扣缴义务人申报；
2、单位获得申报信息，代理申报；
3、年终不需要再进行核算和申报。
扣缴义务人既非纯粹意义上的纳税人，又非实际负担税款的负税人，只是负有代为扣税并缴纳税款法定职责之义务人。它的义务由法律基于行政便宜主义而设定，为法定义务。它同样要面对国家和征税机关，常常会同时扮演纳税人的角色，他们的很多基本权利应该是一致的。因此把扣缴义务人与实际纳税人一起归入纳税人的概念范畴，在实际的税收征纳关系中，有利于保护扣缴义务人在税法上的权利。当然，这并不是说要这两者之间没有任何区别，在具体问题的讨论中我们还是要明确区分扣缴义务人和纳税人的。
（二）1、专项附加扣除通过扣缴义务人申报时：
每月的应纳税所得额=8000-5000-1000-2400=-400。
由于应纳税所得额-400＜0，所以每月不需要预扣预缴个税。
2、专项附加扣除年度自行申报时：
每月的应纳税所得额=8000-5000-1000=2000。
由于应纳税所得额大于，所以每月都需要先预缴个税。
月度需要预缴的个税=2000*3%=60元。
年度需要预缴的个税=（8000*12-60000-1000*12)*3%=24000*3%=720（元）。
需要注意的是，由于年度应纳税所得额小于36000元，所以每个月预扣预缴的个税都是一样的，即都是60元。当然，这里也是默认每月的收入也是一样的。
个税汇算清缴时，扣除专项附加扣除后，应纳税所得额=8000*12-60000-1000*12-2400*12=-4800。
所以，在这时需要进行退税。
退税的金额=720-0=720（元）。
扣缴义务人申报与综合所得年度自行申报的区别
律师回答
摘要：通过扣缴义务人申报和年度自行申报的区别在于，扣缴义务人不是纯粹的纳税人，只负责代为扣税和缴纳税款。专项附加扣除通过扣缴义务人申报时，每月无需预扣预缴个税；而年度自行申报时，每月需要先预缴个税。在个税汇算清缴时，根据扣除专项附加扣除后的应纳税所得额，可能需要进行退税。总之，扣缴义务人和纳税人在税法上的权利和义务有所区别，但在保护扣缴义务人权益和明确纳税人身份上，将其归入纳税人范畴是有利的。
延伸阅读
结语：综合所得年度自行申报和通过扣缴义务人申报的区别在于：通过扣缴义务人申报不需要单位再进行核算和申报，代理申报更加便捷。扣缴义务人虽非纳税人，但负有代为扣税并缴纳税款的法定职责，应享有一致的基本权利。专项附加扣除通过扣缴义务人申报时，不需要预扣预缴个税；年度自行申报时，需要按月预缴个税。退税时，根据个税汇算清缴，可获得退税金额。通过明确区分扣缴义务人和纳税人，有利于保护扣缴义务人在税法上的权利。
法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》
第六条应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。
第六条应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
个人将其所得对教育、扶贫、济困等公益慈善事业进行捐赠，捐赠额未超过纳税人申报的应纳税所得额百分之三十的部分，可以从其应纳税所得额中扣除；国务院规定对公益慈善事业捐赠实行全额税前扣除的，从其规定。
本条第一款第一项规定的专项扣除，包括居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出，具体范围、标准和实施步骤由国务院确定，并报全国人民代表大会常务委员会备案。
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