在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。
要怎样确定股权转让协议管辖权，股权转让协议约定管辖有效吗
在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
【法律依据】
《民事诉讼法》第二十七条，因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。
涉外股权转让纠纷纠纷如何适用法律？
一、适用合同中当事人协商一致的法律。根据《中华人民共和国涉外民事关系法律适用法》第四十一条的规定，当事人可以协议选择合同适用的法律。如当事人有约定的，则按约定处理，这是当事人意思自治原则的体现。
二、如当事人对合同适用的法律没有约定，则适用履行义务最能体现该合同特征的一方当事人经常居所地法律或者其他与该合同有最密切联系的法律。
三、根据《最高人民法院关于审理涉外民事或商事合同纠纷案件法律适用若干问题的规定》第八条的规定，在中华人民共和国境内履行的中外合资经营企业合同、中外合作经营企业合同、中外合作勘探开发自然资源合同等，适用中华人民共和国法律。此类合同当事人不能通过约定排除适用。
股权转让的价格应当怎样确定
股权转让价格的确定方法如下：
一、将股东出资时所确认的股权价格作为转让价格。
二、以公司净资产额为标准确定股权转让价格。
三、以审计、评估的价格作为转让价格。
四、将拍卖、变卖价作为转让价格。另外，也有采用其他方法来确定转让价格的。
相关法律规定
《公司法》第七十一条，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。
股权转让纠纷怎么办
股权转让纠纷是指股权在转让的过程中所发生的纠纷的总称，包括股东之间转让股权的纠纷，以及股东与非股东之间转让股权的纠纷。
股权转让应当怎样确定价格
股权转让的价格的确定是：
1、将股东出资时股权的价格作为转让价格；
2、将公司净资产额作为转让价格；
3、将审计、评估价格作为转让价格；
4、将拍卖、变卖价作为转让价格；
5、也有采用其他方法来确定转让价格的。
相关法律规定
《公司法》第七十一条，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。
