代扣代缴个人所得税申请退税流程是:注册软件、查询完税情况、办理个税清算、提交材料、审查通过、办理退税等，具体情况下可以通过网络或者手机APP对相关情况进行认定后直接退税处理。
对于代扣代缴个人所得税申请退税的具体程序，可以按照下列规定进行:
1、下个人所得税APP，注册账号，登陆账号。个人所得税APP非常智能，注册好之后，在个人中心完善个人信息，并添加银行卡，这张银行卡就是税款将要退回的地方。
2、查询年度的纳税明细。可以在首页的“收入纳税明细查询”一栏中查询，里面有年度和每个月的的收入金额和已申报税额。
3、在办税界面-税费申报-综合所得汇算申报处进行申报。默认的是简易申报，系统已经自动计算出退税金额。如果需要调整申报数额，可以切换到“标准申报”进行办理。确认提交后就可以申请退税啦。
4、税务部门审查。在服务界面-申报信息查询中，点击申报查询可以查看退税的进度。
需要注意的是，为方便纳税人获取退税，纳税人年度综合所得收入额不超过6万元且已预缴个人所得税的，税务机关在网上税务局(包括手机个人所得税APP)提供便捷退税功能，纳税人可以通过简易申报表办理年度汇算退税。
二、《个人所得税代扣代缴暂行办法》
第四条 扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税:
(一)工资、薪金所得;
(二)对企事业单位的承包经营、承租经营所得;
(三)劳务报酬所得;
(四)稿酬所得;
(五)特许权使用费所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得;
(十)经国务院财政部门确定征税的其他所得。
第五条 扣缴义务人向个人支付应纳税所得(包括现金、实物和有价证券)时，不论纳税人是否属于本单位人员，均应代扣代缴其应纳的个人所得税税款。
前款所说支付，包括现金支付、汇拨支付、转账支付和以有价证券、实物以及其他形式的支付。
目前，用人单位对于职工的个税都是采取代扣代缴的原则来进行办理的，但当事人也可以选择个人自行办理个税的缴纳，具体情况下可以依据法律规定的程序来进行合法的办理，并依据法律规定来进行合法的认定。
