法律分析：一、多缴税款退税超过三年还能提出退税申请吗?
多缴税款超过三年的，不能再提出退税申请。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第五十一条
纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还;涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
二、个人所得税的退税方式有哪些?
(一)自行办理年度汇算。
(二)通过取得工资薪金或连续性取得劳务报酬所得的扣缴义务人代为办理。纳税人向扣缴义务人提出代办要求的，扣缴义务人应当代为办理，或者培训、辅导纳税人通过网上税务局(包括手机个人所得税APP)完成年度汇算申报和退(补)税。
(三)委托涉税专业服务机构或其他单位及个人(以下称“受托人”)办理，受托人需与纳税人签订授权书。
扣缴义务人或受托人为纳税人办理年度汇算后，应当及时将办理情况告知纳税人。纳税人发现申报信息存在错误的，可以要求扣缴义务人或受托人办理更正申报，也可自行办理更正申报。
三、个人所得税专项附加扣除费用有哪些?
1、子女教育
标准是每月1000元/每个子女
教育是指3岁到博士研究生(含留学)，父母双方各扣50%或约定由其中一方按100%扣除，选定后一年不得改变。
2、赡养老人
标准：独生子女，按2000元/月;非独生子女，与其兄弟姊妹分摊，每人每月小于等于1000元。
3、住房贷款利息
标准：每月1000元，扣除期最长不超过240个月。
4、住房租金
1)直辖市、省会、计划单列市等按1500元/月扣除
2)其他城市(市辖区人口超过100万)按1100元/月扣除
3)其他城市(市辖区人口不超过100万)按800元/月扣除
提示：可扣除的是主要工作城市且没有自有住房而发生的住房租金支出，夫妻双方主要工作的城市相同只能一方扣除。
5、大病医疗
标准：80000元/年
提示：医药费用扣除医保报销后个人负担累计超过15000元的部分，可扣除，上限8万元。
6、继续教育
标准：学历(学位)教育400元/月，同一学历(学位)小于等于48个月
继续教育，取得证书的当年，按3600元定额扣除。
提示：本科及以下学历(学位)继续教育可以本人或父母扣除。
在司法实践中，造成多交税款的这种情况，一般都是因为纳税义务人在计算税费的时候，因为工作人员的失误导致多交税款，因为国家各方面的税收政策是法定的，除非当事人计算错误，否则税务机关在征税时发现有多交税款的，一般都会立即退还。
法律依据：法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》 第五十一条 纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还;涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
