一、土地确权证发下来了，有纠纷如何办
1、土地确权证发下来了，有纠纷双方可以协商处理，或者请求村民委员会、乡镇人民政府调解解决，当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向辖区仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。
2、法律依据:《土地管理法》
第十四条 ，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
1、土地确权必须确定一些基本原则，这些原则应体现土地确权的精神实质，为正确界定土地权属指明方向，并在整个土地确权中始终起指导作用。
2、尊重历史，面对现实的原则;
3、有利于生产和生活，有利于社会稳定的原则;
4、政策和法律并用原则;
5、分阶段、区别不同情况处理原则;
6、权利设定一般法定原则。
三、违法加建的房屋能否土地确权
1.违法加建部分房屋不能确权。
2.在合法的房屋是违法加建的，合法的房屋本身就有合法的土地使用权，所以不需要土地确权。
土地确权是指土地所有权、土地使用权和他项权利的确认、确定，简称确权，也是依照法律、政策的规定确定某一范围内的土地的所有权、使用权的隶属关系和他项权利的内容。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
