律师分析：
1、两者本质不同
国家以土地使用权作价入股，是指国家以一定年期的国有土地使用权作价，作为出资投入改组后的新设企业；而土地使用权作价出资是国有企业改革中特有的一种土地处置方式，是指国家以一定年期的国有土地使用权作为出资投入到改革后的新设企业。
2、两者土地使用权持有者不同
国家以土地使用权作价入股的土地使用权作价出资形成的国家股股权由国有资产投资主体委托有资格的国有股权持股单位统一持有；而土地使用权作价出资该土地使用权由新设企业持有。
3、两者土地使用权的权力不同
土地使用权作价出资的企业可依照土地管理法律、法规关于出让土地使用权的规定转让、出租、抵押土地使用权；而国家以土地使用权作价入股的土地使用权作价出资（入股）形成的国家股股权，可以依照土地管理法律、法规关于出让土地使用权的规定转让、出租、抵押。
【法律依据】：
《中华人民共和国土地管理法》第二条 中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。
全民所有，即国家所有土地的所有权由国务院代表国家行使。
任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让。
国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。
国家依法实行国有土地有偿使用制度。但是，国家在法律规定的范围内划拨国有土地使用权的除外。
