工程的司法鉴定主要是根据标的额来确定的(诉讼标的和鉴定标的)：
1、标的额在十万元以下的，则按照相关的标准收费;标的额在十万元到五十万元的部分，按照百分之一的比例收取;标的额在五十万元到一百万元的，按照百分之零点八收取;标的额为一百万元到两百万元的，按照百分之零点六收取;五百万元到一千万元的，按照百分之零点四收取;超过一千万元的，按照百分之零点一收取。
2、对于工程标的额比较大的，可以按照当地的情况和政策确定收费标准的上限。
工程司法鉴定的机构必须是经过司法机关审批，并且取得相关的权利的法定的鉴定机构，而鉴定人也需要具备一定的职业资格，这也保证了司法鉴定的专业性;司法鉴定的材料必须是工程中比较关键的问题;同时鉴定的程序有一定的严谨性，它必须符合我国相关的法律规定;而司法鉴定的结果都具有合法性，是通过鉴定文书的形式表现的，司法鉴定的文书的格式和内容都必须要符合法律规范。
对于司法鉴定这项工作来说它本身具有一定的复杂性，双方都站在自己的立场提供证据，导致互相矛盾，所以在鉴定的开展就有一定的难度，鉴定人需要根据双方提供的资料进行仔细的分析。
《司法鉴定收费管理办法》第八条 涉及财产案件的司法鉴定收费，根据诉讼标的和鉴定标的两者中的较小值，按照标的额比例分段累计收取。具体比例如下：
(一)不超过10万元的，按照本办法附件中所列收费标准执行;
(二)超过10万元至50万元的部分，按照1%收取;
(三)超过50万元至100万元的部分，按照0.8%收取;
(四)超过100万元至200万元的部分，按照0.6%收取;
(五)超过200万元至500万元的部分，按照0.4%收取;
(六)超过500万元至1000万元的部分，按照0.2%收取;
(七)超过1000万元的部分，按照0.1%收取。
对于标的额较大的，可由省级价格主管部门会同同级司法
行政部门根据当地实际情况制定司法鉴定收费金额上限。
本条第一款所称涉及财产案件的司法鉴定收费，只适用于司法鉴定中物证类的文书鉴定和痕迹鉴定中的手印鉴定，不适用于其他鉴定。
