法律分析：分公司和总公司发票的处理方式：
1、如果是独立核算的，可以相互开发票，但需要按市场公允价格来计算，否则涉嫌关联交易；
2、如果不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税；
3、其他处理方式。
独立核算的分公司账务处理
独立核算的分公司没有注册资金，投资款是向总公司借的，公司筹备期间很多费用没有发票该如何账务处理谢谢
其实简单地说独立核算就是所有的业务活动的帐务都在本单位核算。非独立核算，就是该单位是某一单位的分支机构，不具备单独的法人资格。核算时要分清哪些费用应在本部门核算，哪些应该属于上级单位的费用。报表要向上级单位报送，由上级单位汇总纳税。异地分支机构有些税在所在地交纳，有的税在总部交纳。
其他的还牵涉到一些内部往来。因总、分公司不在一地，所以分公司必需单独建账，每月可以给总公司汇总报表。分公司如果产生流转税，必须在当地(上海)缴纳。另外，现在企业所得税也需要属地征收，只不过新开办的企业今年不参与分配，明年总公司就应给非独立核算的分公司所得税分配表，当地税务局按分配的所得税稽征。
法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》第十九条销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。
第二十条所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。
