法律分析：一、股权代持合同纠纷诉讼时效从何时起算
股权争议的诉讼时效是三年。在法定的诉讼时效期间届满之后，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效的期间、计算方法以及中止、中断的事由由法律规定，当事人对诉讼时效利益的预先放弃无效。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、股权转让纠纷案件怎么管辖的?
按照我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。
在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定;没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成(如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效)，因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。
股权纠纷的诉讼时效是三年，在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定;没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。此外也可以选择合同签订地或原、被告的住所地人民法院管辖。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
