一、申请强制清算的主体
申请公司强制清算的主体可以是公司的债权人，在特定情况下也可以是公司股东。《公司法》中规定债权人可以申请对公司进行强制清算，而对于其他主体包括公司股东是否可以提出清算申请没有规定。公司法解释(二)中规定了“债权人未提起清算申请，公司股东申请人民法院指定清算组对公司进行清算的，人民法院应予受理。”
公司债权人或者股东向法院申请强制清算应当提交强制清算申请书。申请书中应当写明申请人、被申请人的基本情况和申请的事实和理由。同时，申请人还应当提交被申请人已经发生解散事由以及申请人对被申请人享有债权或者股权的有关证据。如果公司解散后已经自行成立清算组进行清算，但债权人或者股东以其故意拖延清算，或者存在其他违法清算可能严重损害债权人或者股东利益为由，申请强制清算的，申请人还应当提交证明公司存在违法清算行为可能严重损害其利益的相应证据材料。
二、强制清算案件的管辖
强制清算案件的地域管辖法院应为公司住所地的法院，即公司主要办事机构所在地法院;公司主要办事机构所在地不明确、存在争议的，由公司注册登记地法院管辖。级别管辖应当按照公司登记机关的级别予以确定，即基层法院管辖县、县级市或者区的公司登记机关核准登记公司的公司强制清算案件;中级法院管辖地区、地级市以上的公司登记机关核准登记公司的公司强制清算案件。
三、对强制清算申请的审查、受理及撤回
法院审查决定是否受理强制清算申请时，一般应当召开听证会。对于事实清楚、法律关系明确、证据确实充分的案件，经书面通知被申请人，其对书面审查方式无异议的，也可决定不召开听证会，而采用书面方式进行审查。法院应当在听证会召开之日或者自异议期满之日起十日内，作出是否受理强制清算申请的裁定。
被申请人就申请人对其是否享有债权或者股权，或者对被申请人是否发生解散事由存在异议的，除非对上述异议事项已有生效法律文书予以确认，以及发生被吊销企业法人营业执照、责令关闭或者被撤销等解散事由有明确、充分的证据，原则上应当另案予以解决，申请人可以就有关争议单独提起诉讼或者仲裁予以确认后，再行提出强制清算申请。
申请人以其是公司实际出资人为由申请强制清算，但不能提供公司股东名册记载其为股东等证据材料的，就不符合申请强制清算的主体资格，应当另行诉讼或者通过其他途径确认其股东身份后再行申请强制清算。
申请人提供被申请人自行清算中故意拖延清算，或者存在其他违法清算可能严重损害债权人或者股东利益的相应证据材料后，被申请人未能举出相反证据的，法院对申请人提出的强制清算申请应予受理。债权人申请强制清算，但被申请人的主要财产、账册、重要文件等灭失，或者被申请人人员下落不明，导致无法清算的，法院仍应受理。
法院受理强制清算申请后，经审查发现强制清算申请不符合法律规定的，可以裁定驳回强制清算申请。法院裁定不予受理或者驳回受理申请，申请人不服的，可以向上一级法院提起上诉。
法院裁定受理公司强制清算申请前，申请人请求撤回其申请的，法院应予准许。公司因公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现，或者股东会、股东大会决议自愿解散的，法院受理强制清算申请后，清算组对股东进行剩余财产分配前，申请人以公司修改章程，或者股东会、股东大会决议公司继续存续为由，请求撤回强制清算申请的，法院应予准许。
公司因依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销，或者被法院判决强制解散的，法院受理强制清算申请后，清算组对股东进行剩余财产分配前，申请人向法院申请撤回强制清算申请的，除非申请人有证据证明相关行政决定被撤销，或者法院作出解散公司判决后当事人又达成公司存续和解协议的，法院应该不予准许撤回申请。
四、清算组成员的指定、报酬及议事规则
在实施强制清算时，清算组成员由法院指定，清算组成员可以由下列人员中产生：(一)公司股东、董事、监事、高级管理人员;(二)依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构;(三)依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构中具备相关专业知识并取得执业资格的人员。清算组成员可以更换。
法院受理强制清算案件后，应当及时指定清算组成员。公司股东、董事、监事、高级管理人员能够而且愿意参加清算的，法院可优先考虑指定上述人员组成清算组;上述人员不能、不愿进行清算，或者由其负责清算不利于清算依法进行的，法院可以指定《人民法院中介机构管理人名册》和《人民法院个人管理人名册》中的中介机构或者个人组成清算组;法院也可根据实际需要，指定公司股东、董事、监事、高级管理人员，与管理人名册中的中介机构或者个人共同组成清算组。法院指定管理人名册中的中介机构或者个人组成清算组，或者担任清算组成员的，应当参照适用《最高人民法院关于审理企业破产案件指定管理人的规定》。
公司股东、实际控制人或者股份有限公司的董事担任清算组成员的，不计付报酬。上述人员以外的有限责任公司的董事、监事、高级管理人员，股份有限公司的监事、高级管理人员担任清算组成员的，可以按照其上一年度的平均工资标准计付报酬。中介机构或者个人担任清算组成员的，其报酬由中介机构或者个人与公司协商确定;协商不成的，由法院参照《最高人民法院关于审理企业破产案件确定管理人报酬的规定》确定。
公司强制清算中的清算组因清算事务发生争议的，应当参照公司法第112条的规定，经全体清算组成员过半数决议通过。与争议事项有直接利害关系的清算组成员可以发表意见，但不得参与投票;因利害关系人回避表决无法形成多数意见的，清算组可以请求法院作出决定。与争议事项有直接利害关系的清算组成员未回避表决形成决定的，债权人或者清算组其他成员可以参照公司法第22条的规定，自决定作出之日起60日内，请求法院予以撤销。
五、无法清算案件的处理
对于被申请人主要财产、账册、重要文件等灭失，或者被申请人人员下落不明的强制清算案件，法院经过向被申请人的股东、董事等直接责任人员释明法律规定及责任或采取罚款等民事制裁措施后，仍然无法清算或者无法全面清算，对于尚有部分财产，且依据现有账册、重要文件等，可以进行部分清偿的，应当参照企业破产法的规定，对现有财产进行公平清偿后，以无法全面清算为由终结强制清算程序;对于没有任何财产、账册、重要文件，被申请人人员下落不明的，应当以无法清算为由终结强制清算程序。
债权人申请强制清算，法院以无法清算或者无法全面清算为由裁定终结强制清算程序的，应当在终结裁定中写明，债权人可以另行依据司法解释的规定，要求被申请人的股东、董事、实际控制人等清算义务人对其债务承担偿还责任。股东申请强制清算，法院以无法清算或者无法全面清算为由作出终结强制清算程序的，应当在终结裁定中写明，股东可以向控股股东等实际控制公司的主体主张有关权利。
因无法清算或者无法依法全面清算而终结清算程序，与依照企业破产法的规定依法清算，债务人确无财产可供分配而终结破产清算程序，其法律后果是截然不同的。因依法清算，债务人确无财产可供分配时终结破产清算程序的结果，是剩余债务不再清偿;债务人仅以其破产财产为限承担责任，债务人破产清算程序终结后，除破产程序终结之日起二年内发现有依法应当追回的财产或者债务人有应当供分配的其他财产的，可以追加分配外，对于债务人未能依破产程序清偿的债务，原则上不再予以清偿。而因债务人的清算义务人怠于履行义务，导致债务人主要财产、账册、重要文件等灭失无法清算而终结的，虽然债务人的法人资格因清算程序终结而终止，但其既有的民事责任并不当然消灭，而是应当由其清算义务人承担偿还责任。
六、强制清算程序的终结
公司依法清算结束，清算组制作清算报告并报法院确认后，法院应当裁定终结清算程序。工商局等公司登记机关依清算组的申请注销公司登记后，公司终止。
公司因公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现，或者股东会、股东大会决议自愿解散的，法院受理债权人提出的强制清算申请后，对股东进行剩余财产分配前，公司修改章程、或者股东会、股东大会决议公司继续存续，申请人在其个人债权及他人债权均得到全额清偿后，未撤回申请的，法院可以根据被申请人的请求裁定终结强制清算程序，强制清算程序终结后，公司可以继续存续。