1、含义不同：自然人独资，标准称呼是一人有限公司，它由《公司法》规定，原则上与一般有限责任公司一样，只承担有限责任，股东与公司相分离。是能独自承担民事责任的个人。个人独资企业，是一类特殊的企业，个人独资企业，简称独资企业，是指由一个自然人投资，全部资产为投资人所有的营利性经济组织。它由《个人独资企业法》来规定，投资人承担无限责任，与个体工商户非常相像，但与个体户，它可以有自己的名字、招牌等。
2、承担责任不同：如果破产时所欠的钱高于公司自身的资产，无力偿还，个人独资企业的投资人必须承担连带的偿还责任。而有限公司，包括一人有限公司，则把公司赔完就完，投资人没有责任。《个人独资企业法》第18条规定，个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。《公司法》第63条规定，一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。
3、权力不同：个人独资企业的投资人，与有限公司的投资人相比，责任与风险更大，所以其权力也就更大，可以直接管理公司。而有限公司必须通过股东会→董事会→经理，来管理公司。投资人也可以更方便地撤回资金。《个人独资企业法》第24条规定，个人独资企业可以依法申请贷款、取得土地使用权，并享有法律、行政法规规定的其他权利。
4、纳税不同：个人独资企业由于与个人联系紧密，所以，其所得视同个人所得，交个人所得税，不交企业所得税。一人有限公司，交企业所得税。
