针对开办费的税务处理，《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(国税函〔2009〕98号)给予企业三种选择性的处理方式。
1.在开始经营之日的当年一次性扣除
但根据《财政部关于印发〈企业会计准则第1号——存货〉等38项具体准则的通知》(财会〔2006〕3号)，以及《财政部关于印发〈企业会计准则———应用指南〉的通知》(2006年11月版)规定，企业在筹建期间内发生的开办费，从发生的当月直接扣除。这里“从发生的当月直接扣除”与国税函〔2009〕98号文件所规定的企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除存在一定的差异，企业对此项的差异处理应予以关注。
因而，此种方式下，对开办费的摊销时间，无论企业成立于何时，也无论企业执行何种会计制度，均为企业开始经营之日，而不是开办费的发生当期。
2.按照新税法有关长期待摊费用的规定处理
根据《企业所得税法》第七十条规定，开办费可作为长期待摊费用的支出，自支出发生月份的次月起，分期摊销，摊销年限不得低于3年。但此种摊销方式与前述处理方式存在差异。前述处理方法是分期归集，一次摊销，此种方式则是分月归集，次月摊销，
需要指出的是，上述两种处理方式，主要是针对2008年新成立的企业，或2008年之前成立但在2008年开始生产经营的企业。无论采取哪种方式处理开办费，一经选定，就不得改变。
3.以前年度未摊销部分的开办费，可在2008年一次性扣除也可分期摊销扣除
企业在筹建期发生的开办费，原《企业所得税暂行条例实施细则》第三十四条规定，应当从开始生产、经营月份的次月起，在不短于5年的期限内分期扣除。对于企业在新税法实施以前年度的未摊销完的开办费，国税函〔2009〕98号文件规定，可根据前述两种方式处理。
