根据《国家税务总局关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》(国税函[2010]162号)，外贸企业丢失增值税专用发票应分以下两种情况处理：
1. 如果发票联和抵扣联全部丢失，根据国税函[2010]162号文件规定，外贸企业可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
2. 如果只有发票联丢失，且发票联上加盖了税务机关的发票专用章，则企业可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
3. 如果只有抵扣联丢失，且发票联上加盖了税务机关的发票专用章，则企业可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
4. 如果只有抵扣联丢失，且发票联上加盖了税务机关的发票专用章，则企业可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
二是有发票联但抵扣联丢失时，根据国税函[2010]162号文件规定，对于外贸企业只丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
另外，在办理此项业务时还有两点需要注意：
一是根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》(国税函[2009]617号)规定，自2010年1月1日以后，增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天调整为180天。那么，外贸企业丢失已开具的增值税专用发票(抵扣联或发票联)，如还未认证的应在规定期限的180天内及时进行认证，并按上述两类情况的要求办理出口退税的有关事宜。
二是对于各地主管出口退税的税务机关为了加强出口退税的管理与审核，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按现行出口退税有关规定办理外贸企业丢失已开具增值税专用发票的出口货物。
外贸企业丢失专用发票怎么办理出口退税
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摘要：根据《国家税务总局关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》(国税函[2010]162号)，外贸企业丢失增值税专用发票应分以下两种情况处理：
1. 如果发票联和抵扣联全部丢失，根据国税函[2010]162号文件规定，外贸企业可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申
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根据《国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第65号）文件规定，外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联，可按以下方式办理出口退税：
1. 企业应通过“出口货物劳务增值税和消费税管理”系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送主管税务机关备案。
2. 主管税务机关应通过“出口货物劳务增值税和消费税管理”系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送企业备案。
3. 企业应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。
4. 主管税务机关应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。
综上所述，外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联时，应通过相关系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送主管税务机关备案。主管税务机关应通过同一系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送企业备案。企业应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。主管税务机关应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。
1. 企业应通过“出口货物劳务增值税和消费税管理”系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送主管税务机关备案。
2. 主管税务机关应通过“出口货物劳务增值税和消费税管理”系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送企业备案。
3. 企业应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。
4. 主管税务机关应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。
综上所述，外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联时，应通过相关系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送主管税务机关备案。主管税务机关应通过同一系统开具红字发票，并连同《开具红字发票信息表》一并寄送企业备案。企业应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。主管税务机关应按规定申报开具红字发票的税款，同时作出口货物劳务增值税和消费税纳税申报。
法律依据
中华人民共和国税收征收管理法（2015修正）：第三章 税款征收 第四十四条 欠缴税款的纳税人或者他的法定代表人需要出境的，应当在出境前向税务机关结清应纳税款、滞纳金或者提供担保。未结清税款、滞纳金，又不提供担保的，税务机关可以通知出境管理机关阻止其出境。
全国人民代表大会常务员会关于外商投资企业和外国企业适用增值税、消费税、营业税等税收暂行条例的决定： 一、在有关税收法律制定以前，外商投资企业和外国企业自１９９４年１月１日起适用国务院发布的增值税暂行条例、消费税暂行条例和营业税暂行条例。１９５８年９月１１日全国人民代表大会常务委员会第一百零一次会议原则通过、１９５８年９月１３日国务院公布试行的《中华人民共和国工商统一税条例（草案）》同时废止。
中外合作开采海洋石油、天然气，按实物征收增值税，其税率和征收办法由国务院另行规定。
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第八章 附 则 第一百三十一条 在香港特别行政区、澳门特别行政区和台湾地区成立的企业，参照适用企业所得税法第二条第二款、第三款的有关规定。
全国人民代表大会常务员会关于外商投资企业和外国企业适用增值税、消费税、营业税等税收暂行条例的决定： 一、在有关税收法律制定以前，外商投资企业和外国企业自１９９４年１月１日起适用国务院发布的增值税暂行条例、消费税暂行条例和营业税暂行条例。１９５８年９月１１日全国人民代表大会常务委员会第一百零一次会议原则通过、１９５８年９月１３日国务院公布试行的《中华人民共和国工商统一税条例（草案）》同时废止。
中外合作开采海洋石油、天然气，按实物征收增值税，其税率和征收办法由国务院另行规定。
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