1、作废增值税专用发票最重要的是在开票系统里作废；
在发票填开窗口里有一个发票作废一栏，单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票就在税务系统里作废了，这才叫真正的作废，就可以不用上税了。
然后再对纸质发票作废，这就是次要的了，如果单位有作废章，盖作废章看起来正规点，如果单位没有作废章，就直接用笔写在发票上（发票自带复写，每一张都作废了），然后将作废的三联发票保管好（很重要，一定不能遗失），留单位备查就行了。
2、作废发票必须是当月的发票，如果跨月的发票，是不可能作废的（系统里也是不认可的），只能采取开红字的方式冲掉该发票（开红冲发票有专门的手续）。
增值税专用发票作废
律师回答
摘要：作废增值税专用发票的关键是在开票系统中进行作废。在发票填开窗口中，通过选择需要作废的发票并点击作废按钮，将其在税务系统中作废，从而避免缴税。其次，对于纸质发票的作废，如果单位有作废章，可以盖章以示正规；如果没有，可以直接用笔写在发票上，并妥善保管作废的三联发票。需要注意的是，作废发票必须是当月的，跨月的发票无法作废，只能通过开具红字发票进行冲销，需要按照专门的手续进行操作。
延伸阅读
增值税专用发票作废流程与注意事项
增值税专用发票作废的流程包括以下几个步骤：首先，确认作废的发票是否符合作废条件，如开票日期、金额等；其次，填写作废申请表，并加盖单位公章；然后，将作废申请表和作废的发票一并提交给税务机关；税务机关会进行审核，并在符合条件的情况下办理作废手续；最后，领取经税务机关作废确认的发票。在进行增值税专用发票作废时，需要注意以下事项：确保作废申请表的填写准确无误；及时提交作废申请，避免超过规定的时限；配合税务机关的审核，提供必要的证明材料；妥善保存作废确认的发票和相关申请材料，以备查验。以上是增值税专用发票作废的流程与注意事项。
增值税专用发票作废的流程包括以下几个步骤：首先，确认作废的发票是否符合作废条件，如开票日期、金额等；其次，填写作废申请表，并加盖单位公章；然后，将作废申请表和作废的发票一并提交给税务机关；税务机关会进行审核，并在符合条件的情况下办理作废手续；最后，领取经税务机关作废确认的发票。在进行增值税专用发票作废时，需要注意以下事项：确保作废申请表的填写准确无误；及时提交作废申请，避免超过规定的时限；配合税务机关的审核，提供必要的证明材料；妥善保存作废确认的发票和相关申请材料，以备查验。以上是增值税专用发票作废的流程与注意事项。
结语：作废增值税专用发票的流程相对繁琐，但是非常重要。首先，在开票系统中进行作废是最关键的步骤。其次，对纸质发票进行作废，可以使用单位的作废章或直接在发票上标注。作废的发票必须是当月的，跨月的发票需要通过开红字发票进行冲销。在进行作废时，需要填写作废申请表并提交给税务机关进行审核，最后领取经税务机关确认的作废发票。在整个流程中，准确填写申请表、及时提交申请、配合税务机关审核以及妥善保管作废发票和相关材料都是需要注意的事项。请务必遵循以上流程和注意事项，以确保作废发票的有效处理。
法律依据
：《关于修订增值税专用发票使用规定的通知》规定，一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理;开具时发现有误的，可即时作废。
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