抵扣完的增值税专用发票不能作废。
国家税务总局公告〔2016〕47号《关于红字开具有关问题的公告》规定，增值税一般纳税人开具增值税专用发票(以下简称专用发票)后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票。具体实务是:
1.购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在管理新系统(以下简称“新系统”)中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》，在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。
2.购买方取得专用发票未用于申报抵扣、但发票联或抵扣联无法退回的，购买方填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
因此，购买方取得增值税专用发票申报抵扣了，开票方不能作废只能先开具红字发票，再做正确的处理。
增值税专用发票抵扣后是否可作废？
律师回答
摘要：抵扣完的增值税专用发票不能作废，需开具红字发票进行处理。购买方如已用于申报抵扣，可在新系统中填开《开具红字增值税专用发票信息表》，待销售方开具红字发票后一并记账。若专用发票未用于抵扣且无法退回，购买方需填写蓝字专用发票信息。开票方不能直接作废，需先开具红字发票，再进行正确处理。
延伸阅读
增值税专用发票抵扣后的作废规定及流程简介
根据《增值税发票管理办法》规定，增值税专用发票在抵扣后是可以作废的，但需要符合一定的规定和流程。作废的具体流程包括：1.提交作废申请；2.审核作废申请；3.执行作废操作；4.发布作废通知。作废后的发票将被注销，不再具备抵扣和报销的资格。作废申请需要提供相关证明材料，并经过税务部门的审核。作废后，应及时通知相关单位和个人，确保发票的合规使用。作废发票的具体规定和流程可能因地区和具体情况而有所不同，建议咨询当地税务机关或专业律师以获取准确信息。
根据《增值税发票管理办法》规定，增值税专用发票在抵扣后是可以作废的，但需要符合一定的规定和流程。作废的具体流程包括：1.提交作废申请；2.审核作废申请；3.执行作废操作；4.发布作废通知。作废后的发票将被注销，不再具备抵扣和报销的资格。作废申请需要提供相关证明材料，并经过税务部门的审核。作废后，应及时通知相关单位和个人，确保发票的合规使用。作废发票的具体规定和流程可能因地区和具体情况而有所不同，建议咨询当地税务机关或专业律师以获取准确信息。
结语：根据国家税务总局公告〔2016〕47号，《增值税发票管理办法》规定，抵扣完的增值税专用发票不能作废。购买方应根据实际情况，填写《开具红字增值税专用发票信息表》，并在取得销售方开具的红字专用发票后，一并作为记账凭证。因此，开票方不能作废已抵扣的专用发票，而是需要按规定开具红字发票并进行正确处理。具体的作废流程和规定可能因地区和情况而有所不同，请咨询当地税务机关或专业律师以获取准确信息。
法律依据
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第六章 特别纳税调整 第一百二十二条 企业所得税法第四十八条所称利息，应当按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点计算。
企业依照企业所得税法第四十三条和本条例的规定提供有关资料的，可以只按前款规定的人民币贷款基准利率计算利息。
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第六章 特别纳税调整 第一百一十一条 企业所得税法第四十一条所称合理方法，包括：
(一)可比非受控价格法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来的价格进行定价的方法；
(二)再销售价格法，是指按照从关联方购进商品再销售给没有关联关系的交易方的价格，减除相同或者类似业务的销售毛利进行定价的方法；
(三)成本加成法，是指按照成本加合理的费用和利润进行定价的方法；
(四)交易净利润法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来取得的净利润水平确定利润的方法；
(五)利润分割法，是指将企业与其关联方的合并利润或者亏损在各方之间采用合理标准进行分配的方法；
(六)其他符合独立交易原则的方法。
中华人民共和国个人所得税法（2018修正）： 第九条 个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。
企业依照企业所得税法第四十三条和本条例的规定提供有关资料的，可以只按前款规定的人民币贷款基准利率计算利息。
中华人民共和国企业所得税法实施条例（2019修订）： 第六章 特别纳税调整 第一百一十一条 企业所得税法第四十一条所称合理方法，包括：
(一)可比非受控价格法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来的价格进行定价的方法；
(二)再销售价格法，是指按照从关联方购进商品再销售给没有关联关系的交易方的价格，减除相同或者类似业务的销售毛利进行定价的方法；
(三)成本加成法，是指按照成本加合理的费用和利润进行定价的方法；
(四)交易净利润法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来取得的净利润水平确定利润的方法；
(五)利润分割法，是指将企业与其关联方的合并利润或者亏损在各方之间采用合理标准进行分配的方法；
(六)其他符合独立交易原则的方法。
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纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。
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