违法。公司通过扣除职工部分工资的方式发放年终奖是属于克扣工资的行为，违反劳动法的规定。
《中华人民共和国劳动法》
第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
企业能不发年终奖吗
年终奖是“工资总额”中的一部分，但较为灵活，一般来说是否发放年终奖属于用人单位的管理自主权，用人单位可以决定是否发放及发放金额，除非另有约定或规定。
目前企业发放年终奖的形式很多，不仅有现金，也有实物，甚至是旅游等替代性的福利，这里讨论的只是现金形式的年终奖，大概可分为三种：一种是有明确约定的，发放金额固定或奖金发放规则在劳动合同等文件中有载明的，诸如年薪制；第二种是有规章制度规定的，是有明确规则的，通过综合计算企业效益、部门绩效、个人绩效等方法计算得出年终奖数额，大公司往往基于管理标准统一的需要而采取这类，诸如年终绩效；还有一种属合同及制度都没有明确约定的，给不给，给多少，完全取决于老板，多见于中小企业，诸如“发红包”。
拖欠工资年终奖金是否违法？
律师回答
摘要：违法！公司扣除职工工资发放年终奖违反劳动法规定。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或拖欠工资。企业是否发放年终奖属于管理自主权，但不得通过扣除工资的方式。年终奖形式多样，但现金形式的年终奖应遵守法律规定。
延伸阅读
劳动法对扣工资年终奖的规定及合法性解析
根据劳动法的规定，雇主扣除员工工资或年终奖金需要遵循一定的条件和程序。扣工资年终奖的合法性取决于具体情况。一般情况下，如果雇主与员工之间存在书面协议，明确规定了扣除工资或年终奖的情况，且符合劳动法的相关规定，那么扣工资年终奖可能是合法的。然而，如果雇主未经员工同意擅自扣除工资或年终奖，或违反了劳动法的规定，扣工资年终奖可能是违法的。因此，具体情况需要根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。如果员工对扣工资年终奖存在异议，建议咨询专业律师或劳动仲裁机构，以获得具体的法律意见和帮助。
根据劳动法的规定，雇主扣除员工工资或年终奖金需要遵循一定的条件和程序。扣工资年终奖的合法性取决于具体情况。一般情况下，如果雇主与员工之间存在书面协议，明确规定了扣除工资或年终奖的情况，且符合劳动法的相关规定，那么扣工资年终奖可能是合法的。然而，如果雇主未经员工同意擅自扣除工资或年终奖，或违反了劳动法的规定，扣工资年终奖可能是违法的。因此，具体情况需要根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。如果员工对扣工资年终奖存在异议，建议咨询专业律师或劳动仲裁机构，以获得具体的法律意见和帮助。
结语：违法行为。公司扣除职工部分工资发放年终奖属于克扣工资，违反劳动法规定。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应按月以货币形式支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠工资。年终奖是工资总额的一部分，用人单位有管理自主权，但需遵循相关约定或规定。如果违反劳动法规定，扣工资年终奖可能是违法的。如有异议，建议咨询专业律师或劳动仲裁机构获取法律意见和帮助。
法律依据
中华人民共和国就业促进法（2015修正）：第八章 法律责任 第六十一条 违反本法规定，劳动行政等有关部门及其工作人员滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
中华人民共和国社会保险法：第十一章 法 律 责 任 第八十五条 用人单位拒不出具终止或者解除劳动关系证明的，依照《中华人民共和国劳动合同法》的规定处理。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第二章 促进就业 第十一条 地方各级人民政府应当采取措施，发展多种类型的职业介绍机构，提供就业服务。
中华人民共和国社会保险法：第十一章 法 律 责 任 第八十五条 用人单位拒不出具终止或者解除劳动关系证明的，依照《中华人民共和国劳动合同法》的规定处理。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第二章 促进就业 第十一条 地方各级人民政府应当采取措施，发展多种类型的职业介绍机构，提供就业服务。
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