(一)案件来源不同
公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的;而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
(二)犯罪性质和危害程度不同
公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大，案件一经起诉人民法院必须依法进行审判，除公诉机关认为所指控的事实不清，证据不足，不能对被告人定罪和处以刑罚申请撤回起诉，人民法院准许撤回起诉外，人民法院必须依据审理中查明的事实和证据，依法作出有罪或无罪判决。而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小，因而，自诉人在判决宣告前可以同被告人自行和解或撤回自诉，对告诉才处理和有证据证明的轻微刑事案件，可以进行调解。
(三)审查程序不同
(四)当事人的诉讼权利不完全相同
如：1、自诉案件的被告人及其法定代理人在诉讼过程中有权提起反诉;而公诉案件的被告人及其法定代理人虽然有权对司法人员侵犯其诉讼权利提出控告，但绝不能就案件事实本身对司法人员提出反诉;2、自诉案件的被害人作为自诉人如果对地方各级人民法院第一审判决或裁决不服的，有权在法定上诉期内按照法定程序向上一级人民法院提出上诉，享有独立的上诉权;而公诉案件的被害人没有独立的上诉权，无权对地方各级人民法院第一审判决或裁定提出上诉，只能自收到判决书五日以内，请求人民检察院在法定期限内按照法定程序提起抗诉。
(五)当事人的诉讼地位不同
自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关(人民检察院)居原告地位，被害人则处于证人地位。
(六)当事人行使诉讼权利的时间不同
如1、公诉案件自案件移送审查起诉之日起，犯罪嫌疑人有权委托辩护人;而自诉案件的被告人随时有权委托辩护人;2、公诉案件的被害人及其法定代理人或者近亲属，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，自案件移送审查起诉之日起，有权委托诉讼代理人;而自诉案件的自诉人及其法定代理人，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，有权随时委托诉讼代理人。
(七)举证责任不同
自诉案件的举证责任规定为完全由自诉人承担，对于缺乏证据的自诉案件，人民法院有权限期自诉人补充证据，如果自诉人提不出补充证据，人民法院又无法调取和收集到必要的证据，应说服自诉人撤回诉讼，或者裁定驳回诉讼;而公诉案件的被害人只是就自己遭受犯罪行为直接侵害的事实和有关犯罪嫌疑人的情况向司法机关如实进行陈述和控告，至于收集和核对案件事实和证据以及查获犯罪嫌疑人是司法机关应尽的职责;被告人也没有证明自己有罪和无罪的责任，司法机关只有依照
法定程序收集到确实充分的证据，才能对被告人提起诉讼和处以刑罚，由此可见，公诉案件的举证责任完全由公诉机关承担。
(八)刑罚处罚的轻重不同
自诉案件的刑罚处罚，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制;而公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。
(九)案件的可分性特点不同
自诉案件中的一个犯罪行为侵害了数个人的利益，受害人不只一人，而是数人，在这种情况下，其中任何一个受害人都有权单独向人民法院提出控诉，没有提起控诉的受害人，有权放弃诉讼。是数人共同对某一人实施某一犯罪行为，受害人有权对其中的一人或几人提起控诉，两种情形不管属于哪一种情形，受害人的控诉均应视为有效，不受限制;但公诉案件的情况恰恰相反，它具有一案不可分的特点，即一个被告人犯了数罪，或共同犯罪案件中的所有被告人，都必须一案审理，不能“一罪一审”或“一人一审”。
(十)审理期限的要求不同
