医疗合同纠纷的处理方式主要有两种，一是双方协商解决，二是向人民法院提起诉讼，起诉的时候要注意选择有管辖权的人民法院。医疗服务合同的种类大致看分为四种，即一般医疗服务合同、健康检查合同、实验性医疗服务合同、其他性质的医疗服务合同。
1.和解
患方和院方可本着平等自愿的原则，在充分协商的基础上达成和解协议，和解协议的效力应予以认定。
2.诉讼
当事人之间就医疗服务合同发生纠纷的，可以依法向法院提起诉讼。根据当事人诉求的不同，案件是否适用于诉讼时效也不同。提醒，医疗合同纠纷的管辖法院应当按照合同纠纷的管辖规则来确定，可以由被告住所地或者合同履行地法院管辖。当事人向法院起诉应当提交起诉状、身份证明、相关证据材料等。
二、医疗服务合同的种类医疗服务合同根据诊疗目的和内容的不同，可以分为四种类型:
1.一般医疗服务合同，一般医疗服务合同是以疾病的诊断治疗为目的的合同
2.健康检查合同，健康检查合同是以早期发现疾病或了解健康状况为目的，而约定由医方对相关项目予以检查的合同。
3.实验性医疗服务合同，医疗服务需求者并无健康上的问题，而接受医疗服务提供者提供的医疗服务的合同。
4.其他性质的医疗服务合同。例如整形手术、 变性手术等。
三、医疗服务合同的特征医疗服务合同有如下法律特征:
1.医疗服务合同对提供医疗服务的主体具有资格限制性。这种限制性主要表现在医师名称使用及医师业务资格两个方面。医师名称使用指非领有医师证书或专科医师证书者，不得使用医师或专科医师名称;医师业务资格指不具合法医师资格者，被禁止擅自行医。
2.医疗服务合同可因强制缔约的方式成立。
3.医疗服务的专门性和当事人在约定医疗服务的内容时在地位上不具有对等性。
4.医方尊重患方决定权。病人对自己疾病的病因，诊断方法、治疗原则以及可能的医疗结果。
5.医疗服务合同是双务、有偿、诺成、不要式合同。
