违反保密协议首先要承担的是民事责任。保密协议是用人单位与劳动者就保守用人单位商业秘密而达成的合意，合法的保密协议受到法律的保护，当事人应当认真履行，不得违反。如当事人未履行保密协议规定的义务，不论是否给用人单位造成了实际损失，都是对保密协议的违反，应当承担违约责任，而违约责任是民事责任的一种。
在民法理论上，民事责任可以分为违约责任和侵权责任。违约责任是合同的签约一方或双方因不履行合同义务或者不适当履行合同义务而应承担的不利的法律后果。承担违约责任的方式可以是实际履行、支付违约金、赔偿损失等。如果员工违反了保密协议，用人单位可以要求员工实际履行保密协议中约定的保密义务。如果保密协议中约定有违约金，用人单位可以要求员工依约支付违约金。如果员工违反保密义务的行为给用人单位造成了实际损失，用人单位可以要求员工赔偿损失。违约金与赔偿损失有什么不同呢?首先，在劳动合同中，违约金是不能随意约定的，用人单位只有在两种情况下才能约定违约金，保密协议即是其中的一种情况。如果违约金畸高或者畸低，双方可以要求适当降低或提高。但是赔偿金的适用范围则很广泛，只要用人单位因员工的违约行为而遭受了损失，就可以要求员工赔偿。其次，只要保密协议中约定了违约金，不论员工的违约行为是否给用人单位造成了实际损失，用人单位都可以要求员工支付违约金，而赔偿金则建立在实际损失基础上，如果保密协议中没有约定违约金，而员工的违约行为又没有给用人单位造成实际损失，用人单位就不能要求员工支付赔偿金。
违约金的数额是明确写在保密协议中的，比较容易认定，只要不是畸高或者畸低，一般不会发生变化。但是赔偿损失就不同，涉及到损失的计算问题。根据《违反<劳动法>有关劳动合同规定赔偿机制》第五条的规定赔偿： “劳动者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，按《反不正当竞争法》第二十条规定支付用人单位赔偿费用。”《反不正当竞争法》第二十条规定了两种损失或者说赔偿额的计算方法，一是按照实际损失计算；二是实际损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润。作为补充，还规定侵权人应当承担被侵害人因调查该不正当竞争行为所支付的合理的费用。
