增值税一般纳税人销售农产品的增值税适用税率有11%、13%和17%三种，小规模纳税人按3%的征收率征收增值税。从2017年7月1日以前，农产品的增值税税率为13%;从2017年7月1日起，农产品的增值税税率调整为11%。
农产品税率11%。经销农产品的一般纳税人按照11%税率征收增值税，小规模纳税人按照3%征收率征收增值税。纳税人开具增值税专用发票或者普通发票，只能按照其适用的11%税率或3%征收率开具。
增值税一般纳税人购进的免税农产品收购发票金额可按规定的扣除率计算抵扣进项税额，农副产品收购发票的开据和使用有两种情况:
第一种是:农民销售自产的农副产品，由收购企业开具的农产品收购发票，第二种是:非农户企业、农场、林场、开发公司销售自产农产品或经过对农产品生间加工后销售农产品使用的货物销售发票。
农民销售自产农产品，是享受免税政策的，又是可以抵扣增值税的应税项目，由于农产品收购发票是由企业开据的，一些收购农产品的企业利用农产品收购发票偷漏增值税，虚开代开农产品收购发票，更有一些不法分子制造销售假的农产品销售发票;
以谋取个人私利，造成了国家税收的流失，这也给税收征管工作带来了很大的困难，如何规范、监管农产品收购发票的使用已经成为增值税管理中我们巫待研究和解决的问题。
