公司交通费报销不会从薪资扣,违反〈中华人民共和国劳动法〉行政处罚办法》第六条也作出规章:用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为之一的,应责令支付劳动者的薪资报酬,经济补偿,并可责令按相当于支付劳动者薪资报酬、经济补偿总和的一至五倍支付劳动者赔偿金:
1、支付劳动者应得的薪资,经济补偿金。
2、支付上述项总和的1---5倍的赔偿金。
3、支付应得薪资报酬的25%的额外经济补偿金。
根据《劳动法》第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的,由劳动行政部门责令支付劳动者的薪资报酬、经济补偿,并可以责令支付赔偿金:
1、克扣或者无故拖欠劳动者薪资的
2、拒不支付劳动者延长工作时间薪资报酬的;
3、低于当地最低薪资标准支付劳动者薪资的
4、解除劳动合同后,未依照本法规章给予劳动者经济补偿的。
也就是说除了按照规章,用人单位需向你支付拖欠的薪资之外,还可以要求其给予你一定的经济补偿金,对于给你造成损害的话还可以根据损害程度要求支付赔偿金。