如何处理农村占用农田建房纠纷
通常情况下，土地行政管理部门发现违法占地建房行为，首先要调查取证，进行核实。对确属违法占地建房行为，依照法律规定作出限期拆除的处罚决定，限定其在一定期限内自行拆除。
同时，向被处罚人交待权利，被处罚人可以在收到处罚决定书之日起六十日内向作出处罚决定的上级行政机关申请复议，或者在收到处罚决定之日起十五日内向人民法院提取行政诉讼；也就是说，被处罚人可以选择申请行政复议，也可以选择向人民法院提取诉讼；期满不申请复议也不向人民法院起诉，又不自行拆除的，由作出处罚决定的土地行政管理机关依法申请人民法院强制执行。
法律规定
《中华人民共和国城乡规划法》第四十一条第三款、第四款规定：在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地专用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
建设单位或者个人在取得乡村规划许可证后，方可办理土地使用审批手续。
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第三款规定：农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准。
也就是说，农村居民个人需要建房，首先应由自己提出申请，经县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证，取得许可后，再由县人民政府土地行政管理部门审核，由县级人民政府批准，取得宅基地使用权后，才能进行建设施工。
对没有经过有关部门审批擅自建房的行为，人民政府土地行政管理部门一经发现，坚决依法律程序处理，人民法院受案后也必将依法处理。
《中华人民共和国土地管理法》第七十七条第一款规定：农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占有的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
《中华人民共和国土地管理法》第八十三条规定：依照本法规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施的，建设单位或者个人必须立即停止施工，自行拆除；对继续施工的，作出处罚决定的机关有权制止。建设单位或者个人对责令限期拆除的处罚决定不服的，可以在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院起诉；期满不起诉又不自行拆除的，由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
《中华人民共和国行政复议法》第九条第一款规定：公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过六十日的除外。
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