法院对行政处罚程序违法判决的处理办法一般是会撤销之前的处罚，然后会重新按照流程审理案件并判决。对于那些受到了行政处罚的人，若是发现行政机关在做出处罚决定的时候程序是违法，可以向法院起诉。
法院对行政处罚程序违法判决的处理办法一般是会撤销之前的处罚，因为行政处罚程序违法，撤消此决定后，行政机关按合法的程序对被处罚人重新作出处罚是可以的。
行政诉讼法第七十条可以判决被告重新作出行政行为:
(一)主要证据不足的;
(二)适用法律、法规错误的;
(三)违反法定程序的;
(四)超越职权的;
(五)滥用职权的;
(六)明显不当的。
二、行政处罚的一般程序
主要包括以下步骤
(一)发案与立案。
1、发案案源一般有
1上级部门交办
2有关部门移交
3群众举报
4消费者或者受害人投诉、申诉
5依据职权在日常监管、市场巡查中发现。
2、发现案源并经初步核查、核实案源线索后认为依法应当立案查处的办案机构应当及时立案。立案是合法启动行政处罚程序的首要环节和法律依据。立案应当填制规范格式的《立案/不予立案审批表》并附上相关材料交由县级以上工商局局长或者主管副局长批准同时指定两名以上办案人员负责调查处理。此处值得注意的是办案机构查办案件的立案标准有且仅有两项
1、是发现有涉嫌违法违章行为的存在
2、是认为应当依法给予行政处罚
在这两项立案标准中，前一项是客观存在标准，后一项是主观认识标准。而在立案时并不要求必须查明涉嫌违法的确切当事人是谁、违法行为所涉及的具体财物状况以及情节、手段、结果如何等问题。凡经过初查办案机构如果认为符合上述立案标准的就应当及时填制《立销案审批表》进入立案调查程序。
(二)调查取证。
1、案件经县级以上工商机关批准立案后办案人员应当及时进行调查、收集证据，必要时可以依照有关法律、法规规定进行检查。
2、办案人员调查案件、收集证据、不得少于二人，并应当主动出示执法身份证件。接受其他工商机关委托协助调查、取证的_还必须出具书面委托证明。
3、办案人员对案件进行调查，应当收集的证据类型主要有1书证2物证3证人证言4视听资料、计算机数据5当事人陈述6鉴定结论7勘验笔录和现场笔录。上述证据必须经多方查证核实，方可作为认定案件事实的依据。
4、案件应当在法律规定或者领导指定的期间内调查完毕，因案情复杂需要延期调查的，应报主管领导审查批准。案件调查完毕，承办人员应当按照要求制作《案件调查终结报告》、草拟好行政处罚建议书，连同案卷送本局案件核审机构核审并报局长或主管副局长审批。
(三)案件核审。
根据现行体制案件核审工作由县级以上工商局内设的法制机构负责。该法制机构应当对办案机构送审的所有适用一般程序查处的案件，指定本机构具体承办人员依法进行书面核审。基层工商所分局设有法制员的对该所分局以自己名义独立实施行政处罚的案依法进行核审。
(四)行政处罚依法告知并听取当事人的陈述、申辨意见或者举行听证。
案件经核审机构书面核审、同意后，在作出行政处罚决定之前，办案机构应当依法制作《行政处罚告知书》或者《行政处罚听证告知书》将拟作出行政处罚的事实、理由、依据给予行政处罚的种类、幅度，以及当事人依法享有的权利等事项，依法告知当事人。案件涉及听证的按国家工商总局的有关专项规定执行。
(五)作出行政处罚决定。
办案机关作出行政处罚决定后，应当按照要求，制作规范格式的《行政处罚决定书》。《行政处罚决定书》上应当加盖办案机关的公章。制作《行政处罚决定书》的日期，以办案机负责人签发的日期为准。
(六)行政处罚决定的执行。
1、《行政处罚决定书》制作后，办案机构应当按照法律规定的期限和要求及时送达当事人。
2、办案机构代表县级以上办案机关依法实施行政处罚_并将罚缴的财物等及时上缴国家金库或者依法作出处理。
(七)、案件备案和归档。
司法机关在审理案件的时候，不仅需要在有证据的前提下才能判决，还必须同时遵守程序的规定，否则不管最后的处罚是否是正确的，该处罚都有可能会被撤销，且之前审理该案件的相关职员，是会受到相应的处罚的，比如降职等。
