主要的矛盾有：
1、小企业整体出让、兼并、分立的合同当事人不履行合同，或不全面履行合同，形成纠纷后，企业停顿，职工下岗无收入，上街堵路或找政府讨说法;
2、在签署兼并或产权转让合同或协议过程中，出让方或者某一当事方，不履行对相关债务和隐蔽债务、或有债务的告知义务，形成纠纷给收购方造成损失，形成纠纷;
3、在国企的公司制改建中，采取多种规避法律的行为，架空债务，逃避债务，不事先征求债权人的意见，以剥离的优良资产组建新的公司，把债务留在原有的空壳企业。形成纠纷后，新老企业均被债权人告上法庭，查封了企业的房产、设备，致使企业停产，职工无收入;
4、国企改制中涉及的企业国有产权转让，违法暗箱操作，如低评，有意规避拍卖程序，设法不进场交易等，造成国有资产流失;
5、国企改制后，企业由于历史金融债务以及职工欠包袱沉重，企业运营困难重重，但债权银行将该债权打包转让给金融资产管理公司，资产公司又将该债权打包转让给外国公司，此后被诉至法院，企业资产被查封或被执行，职工赖以生存的资产不复存在，造成职工生活无着，直至上街或到政府上访;
6、由于政府有个别的政策导向有误，造成目前有些已改制企业面临再次重组的难题。最典型的就是集体或小型国有企业的所谓“股份合作制改建”。这类已改制企业，现在运作良好的不多，企业运作艰难的占多数，一部分已面临停产关闭或濒临破产。其原因是多方面的，股份合作制形式无论从理论与实践的任何一个角度分析，存在“先天不足”与“后天缺乏营养”等一系列发展障碍：(1)设立股份合作制企业没有充分的法律依据，这是造成股份合作制企业的“先天不足”根本问题;(2)合作企业的股权结构设置普遍不合理，职工股东权益经常受到侵害;(3)法人治理与企业管理两个法律概念在合作企业内部的经常被混淆规范的法人治理结构严重缺失;(4)股份合作制企业股东大会制度实行的是“每人享有一票的表决权”，一般按照企业章程的规定，重大事项由股东大会决定股东大会的决策效率经常赶不上市场的变化需要;(5)由于股份合作企业规模小，设备陈旧，产品老化，企业没有发展后劲，金融机构一般不愿意向股份合作企业发放贷款，造成该类企业融资难;(6)该类企业选择经营者的范围只能限于本企业，一些经营能力、管理能力以及与市场经济的融通能力强的职业经理人才被排斥在外，严重桎梏了企业的发展。由于前述的诸多不利因素和先天不足，成为企业的发展不可逾越的瓶颈或障碍，因此企业要求再次进行重组改制的呼声很高，也造成了企业改制成本的重复与浪费。
7、改制后的企业，甚至包括实行现代企业制度的公司制企业，并不按照规范的法人治理结构进行规范运作，仍然按照老的国有企业的模式进行经营和管理，穿新鞋走老路，甚至违法逃废公司债务，造成纠纷和诉讼，反而造成企业不能正常运营。
8、改制企业对职工安置欠帐，是改制企业遗留问题中最为普遍和严重的问题。主要表现是：国有企业改制为非国有或国有非控股企业，没有对职工依法进行职工安置，即没有进行大家常说的“职工身份置换”，没有对这些职工给予解除劳动合同的经济补偿金，职工安置费打了白条;甚至有的改制企业强迫职工用解除合同的经济补偿金对企业投资入股。
9、改制过程中，企业或企业的上级主管部门剥夺了职工的民主权利，职工安置方案不经职工代表大会审议通过，或者搞形式上通过，有的安置方案没有职工代表签字，只有工会盖章。造成职工对企业资产状况、企业改制目标、职工安置方案等不知情，这些改制程序违规现象，一定程度上侵害了职工的合法经济权益，形成职工的上访和不稳定因素;
10、改制过程中，企业或企业的上级主管部门应当一次性支付给职工的历史欠费，如工资、医疗费、公积金、应进入个人账户的养老保险和医疗保险、工伤补助、住房补贴等拖欠严重。造成职工上访和堵政府大门，因此而产生的劳动争议案件呈大幅度上升的趋势，形成新的社会不稳定因素。
11、关于国有退出企业和破产企业的问题。大部分该类企业属于“资不抵破”，破产财产甚至不够支付破产费用，职工安置费过低，造成破产退出企业的职工上访、群访增多，另外，企业破产成本过高、破产企业的领导破产积极性不高、企业开办的社会职能移交难等委托都在不同程度的困扰着破产企业。尽管按照各级政府出台了一些有一定力度的规定或实施，仍不能从根本上解决职工安置费用过低的问题。也是由于再就业形势严峻，下岗职工再就业难，造成社会不稳定因素。
