根据《土地管理法》的有关规定，非法占用土地的处罚方式主要包括：
①责令退还非法占用的土地。即将非法占用的土地恢复到占用以前的状态，如果非法占用的土地是公共用地或未确定给单位和个人使用的国有土地的，要恢复到占用以前的原貌;如果非法占用的土地是其他单位和个人使用的国有土地的，要将非法占用的土地退还原使用者，由此而给原使用者造成损失的，可以依法追究违法使用者的民事责任;如果非法占用的土地是农民集体经济组织的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当责令其交还原农民集体经济组织。
②限期拆除新建的建筑物和其他设施。
如果在非法占用的农用地上新建了建筑物和其他设施的，并且这些建筑物和其他设施是违反土地利用总体规划的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当责令违法者在一定期限内予以拆除，恢复土地原状。
③没收新建的建筑物和其他设施。
如果在非法占用的土地新建的建筑物和其他设施是符合土地利用总体规划的，作出处罚决定的土地行政主管部门应当予以没收。
④罚款。
对非法占用土地的，除采取上述处罚措施以外，还可以对当事人处以罚款，但罚款是选择性适用条款，是否给予罚款，由土地行政主管部门根据违法情节而定，至于罚款的具体幅度和标准，应由《土地管理法实施条例》作出明确规定。对非法占用土地的，对当事人处以罚款。
⑤行政处分。
给予行政处分的对象是非法占地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员。给予行政处分的依据是《国务院关于行政机关工作人员奖惩暂行规定》和《企业职工奖惩条例》。行使行政处分的机关是有关责任人员的所在单位或者上级机关。
⑥刑事责任。
主要是指非法占用土地的行为情节严重，触犯《中华人民共和国刑法》第三百四十二条时，行为人应当承担刑事法律责仃，包括有期徒刑或者拘役、单处或者并处罚金等。需要说明的是，构成此罪，必须是非法占用耕地。《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
处理非法占用土地的方法
律师回答
摘要：《土地管理法》对非法占用土地的处罚方式主要包括责令退还土地、限期拆除新建建筑物和设施、没收新建建筑物和设施、罚款、行政处分以及刑事责任。具体处罚措施根据违法情节确定，包括恢复土地原貌、恢复土地原状、罚款幅度和标准等。非法占用耕地构成刑事责任时，可能面临有期徒刑、拘役和罚金等刑罚。
延伸阅读
结语：根据《土地管理法》的相关规定，对非法占用土地的处罚方式主要包括责令退还土地、限期拆除建筑物和设施、没收建筑物和设施、罚款、行政处分以及可能承担刑事责任。具体处罚措施的适用取决于违法情节的严重程度。需要注意的是，构成刑事责任必须是非法占用耕地，并且造成大量耕地毁坏的情况下才会触犯相关刑法条款。
法律依据
中华人民共和国土地管理法（2019修正）：第六章 法律责任 第六十六条 违反本法第三十九条第一款的规定转让土地使用权的，由县级以上人民政府土地管理部门没收违法所得，可以并处罚款。
中华人民共和国土地管理法（2019修正）：第六章 法律责任 第七十条 没有法律、法规的依据，向房地产开发企业收费的，上级机关应当责令退回所收取的钱款；情节严重的，由上级机关或者所在单位给予直接责任人员行政处分。
中华人民共和国宪法（2018修正）：第一章 总纲 第十条 城市的土地属于国家所有。
农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。
国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿。
任何组织或者个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地的使用权可以依照法律的规定转让。
一切使用土地的组织和个人必须合理地利用土地。
中华人民共和国土地管理法（2019修正）：第六章 法律责任 第七十条 没有法律、法规的依据，向房地产开发企业收费的，上级机关应当责令退回所收取的钱款；情节严重的，由上级机关或者所在单位给予直接责任人员行政处分。
中华人民共和国宪法（2018修正）：第一章 总纲 第十条 城市的土地属于国家所有。
农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。
国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿。
任何组织或者个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地的使用权可以依照法律的规定转让。
一切使用土地的组织和个人必须合理地利用土地。
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