(一)二者法律概念不同
绝对不起诉也就是法定不起诉，其中“绝对”在法律中指的是“应当”，也就是法律上应当不起诉的意思，指的是犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或具有《刑事诉讼法》第十五条规章情形之一的，人民检察院应当做出不起诉决定，检察机关不享有做出起诉决定或不起诉决定的自由裁量权，只能依法做出不起诉决定。
相对不起诉根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十三条第二款规章，是指人民检察院对侦查机关侦查终结移送审查起诉的案件，经过审查后，认为犯罪嫌疑人的犯罪行为情节轻微，依照刑法规章不需要判处刑罚或者免除刑罚时，依法作出不起诉的决定。
(二)适用条件不同
1、适用绝对不起诉的情形和条件:
(1)犯罪嫌疑人没有犯罪事实的;
(2)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(3)犯罪已过追诉时效期限的;
(4)经特别赦令免除刑罚的;
(5)依照刑法告诉才处置的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(6)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(7)其他法律规章免予追究刑事责任的。
2、适用相对不起诉应具备以下法定条件:
(1)人民检察院认为犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，应当负刑事责任。
案件事实清楚，证据确实、充分，犯罪嫌疑人的行为依照刑法规章已经构成犯罪，依法可以追究刑事责任。
(2)犯罪行为情节轻微。
从犯罪嫌疑人实施犯罪行为的手段、对象、危害后果、动机、目的等情况以及犯罪嫌疑人的年龄、一贯表现等综合考虑，认为犯罪情节轻微。
(3)依照刑法规章不需要判处刑罚或者免除刑罚。
(三)、决定不同
法定不起诉的最终决定就是法律规章不起诉，而相对不起诉的情况下，最终结果是检察院既可以作出不起诉决定，也可以作出起诉决定。如果作出不起诉决定，人民检察院需要向上级检察院报送不起诉意见书。
