特殊食品生产企业应由食品安全监管部门负责包保的。因为特殊食品相比于普通食品更容易造成食品安全问题，所以政府为了保证人民群众的身体健康，对特殊食品生产企业进行了严格的监管。包括在企业经营前进行审批和备案，监督企业落实质量安全体系的建设和实施，对不符合安全要求的特殊食品进行召回等措施。特殊食品生产企业的质量安全主体是企业自身，但包保主体则是食品安全监管部门。
什么是特殊食品生产企业？
特殊食品生产企业指的是生产特殊目的食品的企业。这些特殊目的食品通常比传统食品更加需要严格控制生产流程。所以，食品生产经营者应当依照法律、法规和食品安全标准从事生产经营活动，保证食品安全，诚信自律，对社会和公众负责，接受社会监督，承担社会责任。
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法律依据：
《食品生产经营监督检查管理办法》
第十八条 特殊食品生产环节监督检笑州查要点，除应当包括本办法第十五条规定的内容，还应当包括注册备案要求执行、生产质量管理体系运行、原辅料管理等情况。保健食品生产环节的监督检查要点还应当包括原料前处理等情况。特殊食品销售环节监督检查要点，除应当包括本办法第十七条规定的内容，还应当包括禁止混放要求落实、标签和说明书核对等情况。
