两者的区别主要在于所指向的对象不同：
1、宅基地使用权确权登记指的是宅基地的使用权，不包括所有权及处置权（属于集体所有），并且宅基地使用权是不能继承及单独转让的；
2、房屋产权确权，是指地上建筑物的所有权及处置权，只要当事人双方协商一致，建筑物本身，是可以转让的；
3、需要说明的是：农村宅基地上的建筑物通常来说，没有房产证，只有土地使用权确权登记证，只有本村的农业户口人员在一户一宅的前提下，才能受让。
一、农村房屋继承新法
农村宅基地是属于农村集体组织所有，继承农村的宅基地必须要有房屋为基础，通过继承宅基地上的房屋，才能够获得宅基地的继承权利；其次，宅基地只能继承使用权，目前宅基地权利分为所有权、资格权、使用权三类，宅基地的所有权是属于农村集体组织所有，资格权只有农村集体组织成员才能获得，而只有使用权能够进行继承。想要获得宅基地使用权的继承，还有一个前提条件，那就是宅基地上必须要拥有房屋，如果宅基地上没有房屋、或者宅基地上房屋倒塌之后，这一类宅基地不允许继承，将会被农村集体组织收回。
二、农村宅基地确权是不是永久有效
农村宅基地对于集体来说是永久的，对于村民个人并不是永久的。若是村民擅自将宅基地转让给他人，或者村民死亡后，宅基地上并没有房屋，那么该宅基地就有可能会被收回。
具体有如下情形：
1、农户建的房子倒塌两年后未重建，集体应回收土地使用权。如想继续使用，符合条件可以重新申请。农户申请的宅基地已满两年但没建房，也将由集体经济组织收回土地使用权，注销土地登记。建房需重新申请宅基地。
2、农业户口转为非农业户口或移居境外，丧失农村宅基地使用权的资格，原农村房屋仍属私有财产，受法律保护，可以一直使用直到房子自然损坏，但没有重建的权利。
3、接受转让、购买房屋取得的宅基地，与原有宅基地面积的合计超过当地政府规定标准，按照有关规定处理后允许继续使用的，可暂时确权。
因继承取得房屋的宅基地可确权。
【本文关联的相关法律依据】
《土地管理法》第九条城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。
《民法典》第二百一十七条不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。
宅基地使用权和房屋所有权的区别
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高新新
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