社保费用的抵扣是在税前扣除，缴纳个人所得税的时候，应该先减去职工要缴纳的社保费，如果减去职工缴纳的社保费以后，实际工资收入已经不够5000元，在这种情况下就不需要交纳个人所得税，社保费和个税都是由公司代扣的。
职工缴纳的社保费，在税前扣除。工资薪金个人所得税的计算方法:
每月取得工资收入后，先减去个人承担的基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金，以及按省级政府规定标准缴纳的住房公积金，再减去费用扣除额2000元/月，为应纳税所得额，按5%至45%的九级超额累进税率计算缴纳个人所得税。
二、中断缴社保可以补缴吗?
中断缴社保是可以补缴的。
1、中介代交:通过社保代缴机构进行补交，但是要花费一定的手续服务费，并且自己全额缴纳。
2、自己补交:如果是灵活就业人员，可直接到社保局申请缴纳或补交社保，如果是职工的话，也可以去当地社保局咨询，然后再办理补交。
3、公司补交:如果是公司的原因导致社保中断，将由公司负责办理补交的;若是因辞职等个人原因导致社保中断，则可以入职后向新公司申请帮忙补交。
三、公司交社保需要什么资料?
公司给员工办理社保需要准备的资料:
1、填报《社会保险登记表》和《企业员工参加社会保险申报表》;
2、企业营业执照复印件(验原件);
3、企业组织机构统一代码证书复印件(验原件);
4、托收社保费的开户银行印鉴卡及复印件或开户银行证明;
5、首次参保员工的身份证复印件;
6、属新招调入员工(含复、退、转业军人或毕业分配)首次参保，须提供市(区)有调入权限部门批准的调令(军队转业干部行政介绍信)，或毕业生分配介绍信或招工审批表的复印件(验原件);随迁入户的须提供户口簿复印件(验原件);
7、首次参保员工，每人需提供市公安机关认可的第二代身份证联网照相馆的数码照回执，用于制作《劳动保障卡》。
职工个人缴纳的这部分社保费用，以及向国家交纳的个人所得税都属于员工工资报酬，但是应得工资跟实得工资肯定是有差别的，因为在劳动关系存续期间，有一部分社保费用是职工自行承担的。
