宅基地确权证的办理流程是先向村委会提出申请，如果已经修了自建房，但是没有办理集体土地使用证，村委会会把相关的材料递交到乡镇政府部门，乡镇政府部门审验合格的，就会颁发集体土地使用证，还没有修房子的，等自建房竣工后，才能办理相关证件。
(1)申请。申请人持申请材料向当地村委会提出书面用地申请。村委会应当在每一个季度集中申请材料，依法召开村委会或村民代表大会进行审议，并张榜公布，在张榜公布之日起15个工作日内本村村民未提出异议或者异议不成立的，上报给乡镇国土资源所初审。
(2)现场勘查。乡(镇)人民政府组织国土资源所进行现场勘查和群众调查，审查建房用地和建设申请条件，并制作勘查笔录和审查意见书。
(3)填申请表。国土资源所初审合格后发放《农村村民住宅用地与建设申请表》。
(4)村委会审查。村委会对申请人提交的《农村村民住宅用地与建设申请表》进行审查并签署意见，证明申请人的原住宅用地情况和家庭成员现居住情况，由负责人签字，同时加盖村民委员会公章，报乡(镇)人民政府审核。
(5)审核上报。乡(镇)人民政府在收到村委会上报的住宅建设用地申请材料后完成审核并现场确定规划用地范围，并报县国土资源局初审。县国土资源局对符合审批条件的上报县人民政府。
(6)审批。县人民政府批准用地的，由县国土资源局颁发《建设用地批准书》。
(7)放样。由国土资源所牵头协同乡镇政府人员根据《建设用地批准书》和《村镇建设工程规划许可证》到实地放样，划定范围，填写《放样记录卡》，放样参加人应当在《放样记录卡》上签字。放样后，用地申请人方能动工建设。
(8)验收发证。新建、改建、扩建农村村民住宅，应当自房屋竣工验收合格之日起30个工作日内依法申请办理土地初始登记或者变更登记手续和房屋产权登记手续，领取土地使用权证书和房屋所有权证书。
二、宅基地使用权特征有哪些?
1、宅基地使用权的主体为集体经济组织成员。农民申请宅基地很大程度上因为其是农村集体经济组织的成员，每一个成员都有权以个人或户的名义申请宅基地，并且农村宅基地的性质不会随村民身份变化而改变。
2、宅基地使用权的用途具有限制性。农民获得宅基地使用权后，只能在该土地上建造房屋，并作为生活资料使用的自用住房。
3、宅基地使用权具有福利性和无期限性。宅基地具有一定的福利性质，这种福利主要表现在农民能够廉价取得宅基地，获取基本的生活条件，从而享有的最低限度的福利。因为提供了无期限的宅基地，农村居民享有了基本稳定的居住条件，客观上维护了农村生活的稳定。因此，宅基地使用权只是基于集体经济组织成员资格而享有的一项福利性权利，只能在本集体经济组织成员之间流转。
过去各地对于宅基地的管理并不是特别的严格，这也造成宅基地使用过程中的很多现象都非常的不规范，比如村民就没有办理集体土地使用证，现在各地的确权工作已经告一段落。村民申请宅基地，只有房屋竣工并且验收后才能办理土地使用证书。
