医疗期内协商解除劳动合同是可以的。《劳动合同法》关于医疗期的规定主要有第40条和第42条的规定，主要是明确企业对医疗期内的员工不得进行非过错性解除(该法第40条)和经济性裁员(该法第41条)。
法律依据：
《劳动合同法》第四十条 【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
(一)劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的;
(二)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的;
(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
需要明确的是，对于处于医疗期内的员工，并非企业绝对不可以解除。《劳动合同法》只是明确了医疗期内企业不能进行非过错性解除和经济性裁员，并没有规定企业不可以进行过错性解除(第39条)和协商解除(第36条)。所以，对于医疗期内的员工，企业可以其试用期不符合录用条件、存在严重违纪、存在严重过错的理由解除其劳动合同，也可以与进行沟通，在支付经济补偿金等相关事宜达成一致的前提下协商解除其劳动合同。
