刑事诉讼是处于平等对抗地位、有纠纷的双方向处于中立地位的裁判方告诉其纠纷，并请求裁判方解决其纠纷的活动。
一、法律上未明确赋予检察机关引导、指挥侦查权。
具体表现为：一是法律未赋予检察机关在自行侦查、补充侦查时有调动公安机关协助侦查的权力;二是法律未规定检察机关对公安机关侦查案件的随时调阅案件材料和随时到现场监督的权力;三是法律未规定检察机关有命令知道案情的刑警出庭作证的权力。
二、侦查监督的范围不明确。
《刑事诉讼法》第七十六条、第一百三十七条分别规定了检察机关在审查批捕和审查起诉环节有监督侦查机关侦查活动是否合法的职责。现有的法律条文所规定的侦查监督，更多的是从大方向上强调对侦查活动合法性的监督，而没有对侦查监督的内容进行系统具体的规定，也未明确将审查适用法律是否正确纳入侦查监督的范围。
三、侦查监督中的纠错机制不完善。
法律规定不明确具体，如根据刑事诉讼法规定，人民检察院如果发现公安机关的侦查活动有违法情况，应当通知公安机关予以纠正，公安机关应当将纠正情况通知人民检察院。但是，法律没有进一步明确公安机关拒不纠正违法，或者拒不执行检察机关所作决定的法律后果，使得纠正侦查违法软弱无力。对其他侦查措施的纠错，法律规定也不明确，侦查监督的法律效果不具体。
四、侦查监督的方式滞后、被动。
虽然我国检察机关承担审查批捕、审查起诉工作起步较早，并形成较系统的审查监督程序，但现行侦查监督的方式主要是书面审查侦查机关移送的案卷材料，而侦查活动中的违法情况很少反映在案卷材料中，即使犯罪嫌疑人后来向检察机关反映，也大多因时过境迁而导致取证困难，使监督缺乏实效。
五、“提前介入”这一方式尚无《刑诉法》的程序保障。
检察机关的性质和地位决定了“提前介入”到公安机关的刑事侦查活动中，主要的不是要配合侦查，而是运用检察职能对公安侦查活动是否合法进行即时有效的监视和督促。但当前司法实践中，检察机关“提前介人”主要任务则是配合侦查，为加快完成案件批捕、起诉任务提前把握证据，提前给案件定性，而且，有时为了适应一定时期严厉打击犯罪的需要，往往强调配合。无《刑诉法》的程序保障，“提前介入”式的监督无地位，无依据、无实效。
六、对自侦案件的侦查监督，法律无明确规定。
对自侦案件是否进行侦查监督，认识不同，有的认为检察机关是法律监督机关，其侦查监督职能是针对公安机关和其他有侦查权机关的侦查活动进行的，对自侦案件不存在监督问题，而且自行侦查管辖范围的案件也是法律监督的体现。有的认为检察机关的法律监督职能与自侦具体案件的职能，在性质上是有原则区别的，刑事诉讼法在修改时缩小自侦案件的范围，在很大程度上就是为了使检察机关集中精力搞好法律监督。因此，对检察机关的自侦案件，进行侦查监督是必要的，也是可行的。
七、检察机关内部相关部门协作配合不够、体系不健全。
在检察机关内部与侦查监督相关的部门，如审查批捕、审查起诉和监所检察等部门在开展监督工作中各自为战，缺少沟通，没有形成利于监督协调运作体系，信息不能共享、不能及时反馈，相互脱节的问题比较普遍。
八、对侦查监督投入精力少、工作不主动。
当前治安形势严峻，刑事案件大幅上升，审查批捕部门把主要精力放在审查侦查机关移送提请批准逮捕的案件上，对侦查活动有无违法的监督工作还非常薄弱，参与监督程度非常有限。在审查起诉中，检察人员的注意力一般集中于根据案卷材料上提供的犯罪事实、情节和证据，审查犯罪性质和罪名的认定是否准确、恰当，容易忽视侦查机关是怎样通过侦查发现和掌握这些事实、情节和证据的经过，导致很难发现侦查人员有否刑讯逼供、诱供、非法收集证据等违法行为;注重考虑有否遗漏的罪行和其他应当追究刑事责任的人，被审查的犯罪嫌疑人是否属于不应追究刑事责任的对象，而对于在侦查过程中的超期羁押、变更强制措施等违法行为却不够重视。
