一、工伤恢复上班后,年假和年终奖被扣除合不合理
依据工伤保险条例的规定，劳动者在工伤医疗期间的待遇是不变的，所以工伤恢复后，年假和年终奖被扣除肯定是不合理合法的。
《中华人民共和国工伤保险条例》
第三十三条职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。
二、公司不安排年休假怎么办
用人单位经征求职工本人意见后，不安排职工年休假或者不能全部休完年休假的，除正常工资收入外，应当按照职工应休未休年休假天数，额外支付职工相当于其日工资收人2倍的年休假工资报酬。
职工因劳动合同期满或解除劳动关系离开单位时未享受年休假待遇的，用人单位可以将职工的劳动合同顺延至职工休完年休假，待职工休完年休假后办理劳动合同终止或解除手续。职工在不同单位之间不得重复享受年休假待遇。用人单位在终止、解除职工劳动合同时，应当在劳动合同终止或解除证明书中载明职工享受年休假的情况，并将一份劳动合同终止或解除证明书存入职工档案。
经依法批准实行不定时工作制的职工，不适用未休年休假需支付3倍工资的规定，但用人单位应当根据职工的工作量和工作业绩科学合理地确定职工的劳动报酬。实行年薪制的人员可以由用人单位依法申请实行不定时工作制。此外，非全日制用工不享受职工带薪年休假待遇。
三、单位扣发员工的奖金怎么办
国务院《关于工资总额组成的规定》第4条规定，工资总额由下列六个部分组成：计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第53条规定：“劳动法中的‘工资’是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。奖金是指支付给职工的超额劳动报酬和增收节支的劳动报酬。包括：生产奖、节约奖、劳动竞赛奖、机关、事业单位的奖励工资、其他奖金。”因此，工资、奖金、津贴收入等属工资的范畴。
既然奖金属于工资的范畴，如果有的单位随意扣发，明显违反了法律规定。建议被扣发奖金的劳动者向劳动行政部门反映，由劳动行政部门责令其限期支付，如逾期不支付，劳动者可以依法申请劳动仲裁，由仲裁机关裁定其在规定的时间内全额支付扣发的奖金之外，还需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
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