工作三年未签合同，仲裁二倍工资不能主张赔偿两次。
用工三年未签合同，在全国大多数省市，主张二倍工资已经超过仲裁时效，不被法律支持。
根据《劳动合同法》第八十二条、《劳动合同法实施条例》第七条规定，用人单位用工三年未订立劳动合同，视为已经订立无固定期限劳动合同，应当立即补订书面劳动合同，并从用工满一个月的次日起至满一年的前一日止，向劳动者支付二倍工资共计11个月。
用人单位用工满一个月未签合同的，劳动者应当及时主张二倍工资。根据《劳动争议仲裁调解法》第二十七条规定，劳动争议仲裁的时效为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于二倍工资时效起算，各地规定不同，以北京、上海、广东、江西等省市适用“逐月起算法”，“从未签订书面劳动合同的第二个月起按月分别计算仲裁时效”;山东、重庆等省市采用“期满起算法”，“仲裁时效期间从最后履行期限届满之日起算”;江苏、黑龙江采用“违法行为终止和期满起算法”，即未签合同不满一年的从用人单位不签订书面劳动合同的违法行为结束之次日开始计算，用工未签合同满一年的申请仲裁的时效从一年届满之次日起计算;湖北等少数省市采用“劳动关系终止起算法”，“双倍工资的申请仲裁时效自劳动关系终止之日起算，期间为一年”。
