不可以。分公司与总公司是不能相互开发票的,因为分公司根本就开不出发票。分公司是总公司的分支机构,不是独立法人,不是独立的民事主体,不能独立的与其他民事主体发生民事关系。
依据招标法相关限定以及税收、账务方面的相关限定,总公司中标之后,中标人只能是总公司,合同必须是总公司与招标人签订,所以招标人的款项只能转到总公司,开票收款只有由总公司进行。
法律依据:《中华人民共和国公司法》
第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司,应当向公司登记机关申请登记,领取营业执照。分公司不具有法人资格,其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司,子公司具有法人资格,依法独立承担民事责任。