法律分析：一、业务结算后,甲方反悔结算清单怎么处理
工程结算单的作用是施工双方当事人在工程结算单上签字的，在法律上属于双方对工程结算的确认，委托方应该按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款。如果委托方不按照工程结算单上所列的结算结果和工程施工合同的约定支付工程款的，施工方可以依法向法院起诉。需要说明的一点这里的双方必须是工程双方有法定权限的代理人，一般情况下结算单也需要双方当事人的盖章，才能更好的保障工程结算单的效力。
但其只能作为起诉的证据之一，同时需要其他证据予以印证：如双方当事人在建设工程施工过程中形成的补充协议、会议纪要、工作联系单、工程变更单、工程签证、施工图纸、竣工图纸，以及其他往来函件、记录等书面证据，可以作为工程量计算和认定工程价款的依据。
二、施工合同效力纠纷在哪里起诉?
(一)当事人想约定管辖时，在不违反法院级别管辖和专属管辖的情况下可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖。
(二)因合同纠纷提起的诉讼，当事人已经约定管辖的，以约定的为准。
(三)当事人没有约定管辖的，通常由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。以下合同的具体履行地是：
1、买卖合同履行地问题
(1)在合同中明确约定了履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地;仅约定了交货地点的，交货地点为合同履行地。
对履行地点、交货地点未作约定或约定不明确的，或者虽有约定但未实际交付货物，且当事人双方住所地均不在合同约定的履行地，以及口头购销合同纠纷案件，均不依履行地确定案件管辖。
(2)购销合同的实际履行地点与合同中约定的交货地点不一致的，以实际履行地点为合同履行地。
2、承揽合同履行地为承揽方所在地;
3、租赁合同、融资租赁合同以租赁物使用地为合同履行地;
4、补偿贸易合同，以接受投资一方主要义务履行地为合同履行地;
5、证券回购纠纷合同履行地;
(3)凡在交易场所内进行的证券回购业务，交易场所所在地应为合同履行地;
(4)在上述交易场所之外进行的证券回购业务，最初付款一方(返售方)所在地应为合同履行地。
施工合同纠纷的结算单是由人民法院认定效力的。当事人想在签订合同之前约定管辖地，需要不违反法院级别管辖和专属管辖，可以在合同中选择被告的户籍所在地，合同的履行地，合同的签订地，原告的户籍所在地或合同标的物所在的人民法院作为管辖法院。
法律依据：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十条
当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
