律师解答：
1、农业生产者为小规模纳税人，其销售自产初级农产品，可以自行开具或由税务机关代开税率为0%的普通发票（代开发票应遵照《总局关于加强和规范税务机关代开普通发票工作的通知》及《税务登记管理办法》有关规定），向这部分小规模纳税人购入其自产初级农产品取得这类普通发票，可凭发票上的金额及9%的扣除率计算进项税额。
2、农业生产者为增值税一般纳税人的，取得其按0%税率开具的增值税普通发票的，可按发票上的金额和9%扣除率计算进项税额。
【法律依据】：
《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》四 农产品增值税进项税额核定方法
（一）试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的，农产品增值税进项税额可按照以下方法核定：
1、投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价（含税，下同）和农产品增值税进项税额扣除率（以下简称“扣除率”）计算。公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1+扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期农产品耗用数量和平均购买单价时，应依据合理的方法归集和分配。
平均购买单价是指购买农产品期末平均买价，不包括买价之外单独支付的运费和入库前的整理费用。期末平均买价计算公式：
期末平均买价=（期初库存农产品数量×期初平均买价+当期购进农产品数量×当期买价）/（期初库存农产品数量+当期购进农产品数量）
2、成本法：依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（以下称农产品耗用率）。当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算。公式为：
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1+扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
对以单一农产品原料生产多种货物或者多种农产品原料生产多种货物的，在核算当期主营业务成本以及核定农产品耗用率时，试点纳税人应依据合理的方法进行归集和分配。
农产品耗用率由试点纳税人向主管税务机关申请核定。
年度终了，主管税务机关应根据试点纳税人本年实际对当年已抵扣的农产品增值税进项税额进行纳税调整，重新核定当年的农产品耗用率，并作为下一年度的农产品耗用率。
